Changeset 176 for cpp/frams/genetics


Ignore:
Timestamp:
03/15/14 02:30:20 (11 years ago)
Author:
Maciej Komosinski
Message:

Renamed #defines that conflicted with system-wide defines for Windows (added fF_ prefix), updated ranges for scaling parameters, updated the simplest genotype, formatted sources

Location:
cpp/frams/genetics/fF
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • cpp/frams/genetics/fF/conv_fF.cpp

    r174 r176  
    88#include <common/nonstd_stl.h>
    99
    10 GenoConv_fF0::GenoConv_fF0() {
    11     name = "7-value Foraminifera encoding";
    12     in_format = 'F';
    13     out_format = '0';
    14     mapsupport = 0;
    15     cosines = new double[LATITUDE_NUM];
    16     sines = new double[LATITUDE_NUM]; 
    17     fill_cos_and_sin();
    18 }
    19 
    20 GenoConv_fF0::~GenoConv_fF0() {
    21     delete []cosines;
    22     delete []sines;
    23 }
    24 
    25 SString GenoConv_fF0::convert(SString &in, MultiMap *map) {
    26     fF_growth_params gp;
    27     if (!gp.load(in)) //invalid input genotype?
    28         return ""; //so we return an invalid f0 genotype
    29 
    30     double div_radius_length = 1;//div_radius_lenght=1 or kx=ky=kz=1
    31     double radius = 1;
    32 
    33     Model m;
    34     m.open();
    35     // subsequent parts (chambers) are placed relative to the previous part's orientation and location
    36     Part *p1, *p2;
    37 
    38     fF_chamber3d **chambers = new fF_chamber3d*[gp.number_of_chambers];
    39 
    40     for (int i = 0; i < gp.number_of_chambers; i++) {
    41         createSphere(i, chambers, radius, div_radius_length, gp.translation, gp.angle1, gp.angle2, gp.scalex, gp.scaley, gp.scalez);
    42     }
    43 
    44     p1 = m.addNewPart(Part::SHAPE_ELLIPSOID);
    45     p1->p = Pt3D(chambers[0]->centerX, chambers[0]->centerY, chambers[0]->centerZ);
    46 
    47 
    48     for (int i = 1; i < gp.number_of_chambers; i++, p1 = p2) {
    49         p2 = m.addNewPart(Part::SHAPE_ELLIPSOID);
    50         p2->scale = p1->scale.entrywiseProduct(Pt3D(gp.scalex, gp.scaley, gp.scalez)); //each part's scale is its predecessor's scale * scaling
    51 
    52         p2->p = Pt3D(chambers[i]->centerX, chambers[i]->centerY, chambers[i]->centerZ);
    53 
    54         m.addNewJoint(p1, p2, Joint::SHAPE_SOLID); //all parts must be connected
    55     }
    56 
    57     for (int i = 0; i < gp.number_of_chambers; i++)
    58         delete chambers[i];
    59     delete []chambers;
    60 
    61     m.close();
    62     return m.getF0Geno().getGene();
     10GenoConv_fF0::GenoConv_fF0()
     11{
     12        name = "7-value Foraminifera encoding";
     13        in_format = 'F';
     14        out_format = '0';
     15        mapsupport = 0;
     16        cosines = new double[fF_LATITUDE_NUM];
     17        sines = new double[fF_LATITUDE_NUM];
     18        fill_cos_and_sin();
     19}
     20
     21GenoConv_fF0::~GenoConv_fF0()
     22{
     23        delete[] cosines;
     24        delete[] sines;
     25}
     26
     27SString GenoConv_fF0::convert(SString &in, MultiMap *map)
     28{
     29        fF_growth_params gp;
     30        if (!gp.load(in)) //invalid input genotype?
     31                return ""; //so we return an invalid f0 genotype
     32
     33        double div_radius_length = 1;//div_radius_length=1 or kx=ky=kz=1
     34        double radius = 1;
     35
     36        Model m;
     37        m.open();
     38        // subsequent parts (chambers) are placed relative to the previous part's orientation and location
     39        Part *p1, *p2;
     40
     41        fF_chamber3d **chambers = new fF_chamber3d*[gp.number_of_chambers];
     42
     43        for (int i = 0; i < gp.number_of_chambers; i++) {
     44                createSphere(i, chambers, radius, div_radius_length, gp.translation, gp.angle1, gp.angle2, gp.scalex, gp.scaley, gp.scalez);
     45        }
     46
     47        p1 = m.addNewPart(Part::SHAPE_ELLIPSOID);
     48        p1->p = Pt3D(chambers[0]->centerX, chambers[0]->centerY, chambers[0]->centerZ);
     49
     50
     51        for (int i = 1; i < gp.number_of_chambers; i++, p1 = p2) {
     52                p2 = m.addNewPart(Part::SHAPE_ELLIPSOID);
     53                p2->scale = p1->scale.entrywiseProduct(Pt3D(gp.scalex, gp.scaley, gp.scalez)); //each part's scale is its predecessor's scale * scaling
     54
     55                p2->p = Pt3D(chambers[i]->centerX, chambers[i]->centerY, chambers[i]->centerZ);
     56
     57                m.addNewJoint(p1, p2, Joint::SHAPE_SOLID); //all parts must be connected
     58        }
     59
     60        for (int i = 0; i < gp.number_of_chambers; i++)
     61                delete chambers[i];
     62        delete[]chambers;
     63
     64        m.close();
     65        return m.getF0Geno().getGene();
    6366}
    6467
    6568void GenoConv_fF0::createSphere(int which, fF_chamber3d **chambers, double radius_, double div_radius_length_, double div_vector_length_,
    66         double alpha_, double gamma_, double kx_, double ky_, double kz_)
    67 {   
    68     chambers[which]=new fF_chamber3d(0.0f, 0.0f, 0.0f,
    69             (float) radius_, (float) radius_ * (float) kx_, 0.0f, 0.0f,
    70             (float) (radius_ * div_vector_length_), 0.0f, 0.0f, 0.0f, 0.0f);
    71     if (which == 0)
    72         chambers[which]->points = generate_points(chambers[which], which, kx_, ky_, kz_);
    73     if (which > 0) {
    74         /* old radius */
    75         double radiusOld, radius;
    76         radiusOld = chambers[which - 1]->radius;
    77         radius = div_radius_length_ * radiusOld;
    78         /* new growth vector length */
    79         double len = radius * div_vector_length_;
    80         if (radius < TOO_LITTLE) {
    81             radius = TOO_LITTLE;
    82             if (fabs(len) > (TOO_MUCH * radius)) {
    83                 len = ((len < 0) ? (-1) : 1) * TOO_MUCH * radius;
    84             }
    85         }
    86         if (len == 0) {
    87             len = -0.0000001;
    88         }
    89 
    90         /* aperture of the previous chamber */
    91         double pzx = chambers[which - 1]->holeX;
    92         double pzy = chambers[which - 1]->holeY;
    93         double pzz = chambers[which - 1]->holeZ;
    94 
    95         //center of the previous chamber
    96         double pcx = chambers[which - 1]->centerX;
    97         double pcy = chambers[which - 1]->centerY;
    98         double pcz = chambers[which - 1]->centerZ;
    99 
    100         /* aperture of the next to last chamber */
    101         double ppx;
    102         double ppy;
    103         double ppz;
    104 
    105         if (which == 1) {
    106             ppx = pcx;
    107             ppy = pcy;
    108             ppz = pcz;
    109         } else {
    110             ppx = chambers[which - 2]->holeX;
    111             ppy = chambers[which - 2]->holeY;
    112             ppz = chambers[which - 2]->holeZ;
    113         }
    114 
    115         double pzxprim = pzx - ppx;
    116         double pzyprim = pzy - ppy;
    117         double angle;
    118 
    119         angle = atan2(pzyprim, pzxprim);
    120         double alpha = angle - alpha_;
    121 
    122 
    123         double gamma = chambers[which - 1]->phi + gamma_;
    124 
    125         /* x */
    126         double wx = len * cos(alpha);
    127         /* y */
    128         double wy = len * sin(alpha);
    129         /* y */
    130         double wz = len * sin(alpha) * sin(gamma);
    131 
    132         /*center of the new sphere*/
    133         double x = pzx + wx;
    134         double y = pzy + wy;
    135         double z = pzz + wz;
    136 
    137         chambers[which]->centerX = (float) x;
    138         chambers[which]->centerY = (float) y;
    139         chambers[which]->centerZ = (float) z;
    140         chambers[which]->radius= (float) radius;
    141         chambers[which]->vectorTfX = (float) wx;
    142         chambers[which]->vectorTfY = (float) wy;
    143         chambers[which]->vectorTfZ = (float) wz;
    144         chambers[which]->beta = (float) alpha;
    145         chambers[which]->phi = (float) gamma;
    146 
    147         chambers[which]->points = generate_points(chambers[which], which, kx_,  ky_,  kz_);
    148         search_hid(which, chambers, kx_,  ky_,  kz_);
    149         int pun;
    150         pun = find_hole(which, pzx, pzy, pzz, chambers, kx_,  ky_,  kz_);
    151 
    152         chambers[which]->holeX = (float) chambers[which]->points[pun][0];
    153         chambers[which]->holeY = (float) chambers[which]->points[pun][1];
    154         chambers[which]->holeZ = (float) chambers[which]->points[pun][2];
    155     }
    156 }
    157 
    158 void GenoConv_fF0::fill_cos_and_sin() {
    159     int i;
    160     double pi = acos(-1.0);
    161     double angle = pi / (((double) LATITUDE_NUM)*0.5);
    162     for (i = 0; i < LATITUDE_NUM; i++) {
    163         cosines[i] = cos((double) i * angle);
    164         sines[i] = sin((double) i * angle);
    165     }
    166 }
    167 
    168 double** GenoConv_fF0::generate_points(fF_chamber3d *chamber, int which, double kx_, double ky_, double kz_) {
    169     float radius = chamber->radius;
    170     float cenx = chamber->centerX;
    171     float ceny = chamber->centerY;
    172     float cenz = chamber->centerZ;
    173 
    174     double maxX = 0;
    175     double maxY = 0;
    176     double minX = 0;
    177     double minY = 0;
    178     double minZ = 0;
    179 
    180     double kx = 1;
    181     double ky = 1;
    182     double kz = 1;
    183 
    184     if (which > 0) {
    185         for (int kt = 1; kt < (which + 1); kt++) {
    186             kx = kx * kx_;
    187             ky = ky * ky_;
    188             kz = kz * kz_;
    189         }
    190     }
    191 
    192     int i, j;
    193     double x, y, z;
    194    
    195     double **points = new double*[SIZE];
    196     for (int i = 0; i < SIZE; i++) {
    197         points[i] = new double[4];
    198     }
    199    
    200     for (i = 0; i < LONGITUDE_NUM; i++) {
    201         if (kx_ == 1 && ky_ == 1 && kz_ == 1) {
    202             y = ceny + radius * cosines[i];
    203         }
    204         else {
    205             y = ceny + ky * cosines[i];
    206         }
    207         for (j = 0; j < LATITUDE_NUM; j++) {
    208             if (kx_ == 1 && ky_ == 1 && kz_ == 1) {
    209                 points[(i * LATITUDE_NUM) + j][0] = x = cenx + radius * cosines[j] * sines[i];
    210                 points[(i * LATITUDE_NUM) + j][1] = y;
    211                 points[(i * LATITUDE_NUM) + j][2] = z = cenz + radius * sines[j] * sines[i];
    212             } else {
    213                 points[(i * LATITUDE_NUM) + j][0] = x = cenx + kx * cosines[j] * sines[i];
    214                 points[(i * LATITUDE_NUM) + j][1] = y;
    215                 points[(i * LATITUDE_NUM) + j][2] = z = cenz + kz * sines[j] * sines[i];
    216             }
    217 
    218             points[(i * LATITUDE_NUM) + j][3] = 1.0;
    219             if (x < minX) minX = x;
    220             if (x > maxX) maxX = x;
    221             if (y < minY) minY = y;
    222             if (y > maxY) maxY = y;
    223 
    224             if (z < minZ) minZ = z;
    225         };
    226     };
    227     return points;
    228 
    229 }
    230 
    231 double GenoConv_fF0::dist(double x1, double y1, double z1, double x2, double y2, double z2) {
    232     return sqrt((x2 - x1)*(x2 - x1) + (y2 - y1)*(y2 - y1) + (z2 - z1)*(z2 - z1));
    233 }
    234 
    235 void GenoConv_fF0::search_hid(int nr, fF_chamber3d **spheres, double kx_, double ky_, double kz_) {
    236 
    237     int i, j;
    238     if (nr != 0) {
    239         for (i = 0; i < nr; i++) {
    240             for (j = 0; j < AMOUNT; j++) {
    241                 double X = spheres[nr]->points[j][0];
    242                 double Y = spheres[nr]->points[j][1];
    243                 double Z = spheres[nr]->points[j][2];
    244 
    245                 double srX0 = spheres[i]->centerX;
    246                 double srY0 = spheres[i]->centerY;
    247                 double srZ0 = spheres[i]->centerZ;
    248 
    249                 double a2;
    250                 double b2;
    251                 double c2;
    252 
    253                 if (kx_ != 1) {
    254                     a2 = (kx_ * kx_);
    255                 } else {
    256                     a2 = (spheres[i]->radius * spheres[i]->radius);
    257                 }
    258 
    259                 if (ky_ != 1) {
    260                     b2 = (ky_ * ky_);
    261 
    262                 } else {
    263                     b2 = (spheres[i]->radius * spheres[i]->radius);
    264                 }
    265 
    266                 c2 = (kz_ * spheres[i]->radius) * (kz_ * spheres[i]->radius);
    267 
    268                 double up1 = (X - srX0) * (X - srX0);
    269                 double up2 = (Y - srY0) * (Y - srY0);
    270                 double up3 = (Z - srZ0) * (Z - srZ0);
    271 
    272                 double exp = up1 / a2;
    273                 double exp2 = up2 / b2;
    274                 double exp3 = up3 / c2;
    275 
    276                 double result = exp + exp2 + exp3;
    277 
    278                 if (result < (THICK_RATIO)
    279                         ) {
    280                     spheres[nr]->points[j][3] = 0;
    281                 }
    282             }
    283         }
    284     }
    285 }
    286 
    287 int GenoConv_fF0::find_hole(int which, double x, double y, double z, fF_chamber3d **chambers, double kx_, double ky_, double kz_) {
    288     int i;
    289     double distance;
    290     int found = 0;
    291     double dist_found = 0;
    292     int first = 1;
    293 
    294     for (i = 0; i < AMOUNT; i++) {
    295         if (chambers[which]->points[i][3] != 0) //nie jest wewnatrz inne komory
    296         {
    297             distance = sqrt((chambers[which]->points[i][0] - x)*(chambers[which]->points[i][0] - x) +
    298                     (chambers[which]->points[i][1] - y)*(chambers[which]->points[i][1] - y)+
    299                     (chambers[which]->points[i][2] - z)*(chambers[which]->points[i][2] - z));
    300             if (first != 0) {
    301                 found = i;
    302                 dist_found = distance;
    303                 first = 0;
    304             };
    305             if (distance < dist_found) {
    306                 if (which != 0) {
    307                     bool good = true;
    308                     for (int j = 0; j < which; j++) {
    309                         {
    310                             double X = chambers[which]->points[i][0];
    311                             double Y = chambers[which]->points[i][1];
    312                             double Z = chambers[which]->points[i][2];
    313 
    314                             double srX0 = chambers[j]->centerX;
    315                             double srY0 = chambers[j]->centerY;
    316                             double srZ0 = chambers[j]->centerZ;
    317 
    318                             double a2 = (kx_ * chambers[j]->radius) * (kx_ * chambers[j]->radius);
    319                             double b2 = (ky_ * chambers[j]->radius) * (ky_ * chambers[j]->radius);
    320                             double c2 = (kz_ * chambers[j]->radius) * (kz_ * chambers[j]->radius);
    321 
    322                             double up1 = (X - srX0) * (X - srX0);
    323                             double up2 = (Y - srY0) * (Y - srY0);
    324                             double up3 = (Z - srZ0) * (Z - srZ0);
    325 
    326                             double exp1 = up1 / a2;
    327                             double exp2 = up2 / b2;
    328                             double exp3 = up3 / c2;
    329 
    330                             double result = exp1 + exp2 + exp3;
    331                             if (result < 1.0)
    332                             {
    333                                 good = false;
    334                             }
    335                         }
    336                     }
    337                     if (good) {
    338                         found = i;
    339                         dist_found = distance;
    340                     }
    341                 }
    342             };
    343         };
    344     };
    345 
    346     return (found);
    347 }
     69        double alpha_, double gamma_, double kx_, double ky_, double kz_)
     70{
     71        chambers[which] = new fF_chamber3d(0.0f, 0.0f, 0.0f,
     72                (float)radius_, (float)radius_ * (float)kx_, 0.0f, 0.0f,
     73                (float)(radius_ * div_vector_length_), 0.0f, 0.0f, 0.0f, 0.0f);
     74        if (which == 0)
     75                chambers[which]->points = generate_points(chambers[which], which, kx_, ky_, kz_);
     76        if (which > 0) {
     77                /* old radius */
     78                double radiusOld, radius;
     79                radiusOld = chambers[which - 1]->radius;
     80                radius = div_radius_length_ * radiusOld;
     81                /* new growth vector length */
     82                double len = radius * div_vector_length_;
     83                if (radius < fF_TOO_LITTLE) {
     84                        radius = fF_TOO_LITTLE;
     85                        if (fabs(len) >(fF_TOO_MUCH * radius)) {
     86                                len = ((len < 0) ? (-1) : 1) * fF_TOO_MUCH * radius;
     87                        }
     88                }
     89                if (len == 0) {
     90                        len = -0.0000001;
     91                }
     92
     93                /* aperture of the previous chamber */
     94                double pzx = chambers[which - 1]->holeX;
     95                double pzy = chambers[which - 1]->holeY;
     96                double pzz = chambers[which - 1]->holeZ;
     97
     98                //center of the previous chamber
     99                double pcx = chambers[which - 1]->centerX;
     100                double pcy = chambers[which - 1]->centerY;
     101                double pcz = chambers[which - 1]->centerZ;
     102
     103                /* aperture of the next to last chamber */
     104                double ppx;
     105                double ppy;
     106                double ppz;
     107
     108                if (which == 1) {
     109                        ppx = pcx;
     110                        ppy = pcy;
     111                        ppz = pcz;
     112                }
     113                else {
     114                        ppx = chambers[which - 2]->holeX;
     115                        ppy = chambers[which - 2]->holeY;
     116                        ppz = chambers[which - 2]->holeZ;
     117                }
     118
     119                double pzxprim = pzx - ppx;
     120                double pzyprim = pzy - ppy;
     121                double angle;
     122
     123                angle = atan2(pzyprim, pzxprim);
     124                double alpha = angle - alpha_;
     125
     126
     127                double gamma = chambers[which - 1]->phi + gamma_;
     128
     129                /* x */
     130                double wx = len * cos(alpha);
     131                /* y */
     132                double wy = len * sin(alpha);
     133                /* y */
     134                double wz = len * sin(alpha) * sin(gamma);
     135
     136                /*center of the new sphere*/
     137                double x = pzx + wx;
     138                double y = pzy + wy;
     139                double z = pzz + wz;
     140
     141                chambers[which]->centerX = (float)x;
     142                chambers[which]->centerY = (float)y;
     143                chambers[which]->centerZ = (float)z;
     144                chambers[which]->radius = (float)radius;
     145                chambers[which]->vectorTfX = (float)wx;
     146                chambers[which]->vectorTfY = (float)wy;
     147                chambers[which]->vectorTfZ = (float)wz;
     148                chambers[which]->beta = (float)alpha;
     149                chambers[which]->phi = (float)gamma;
     150
     151                chambers[which]->points = generate_points(chambers[which], which, kx_, ky_, kz_);
     152                search_hid(which, chambers, kx_, ky_, kz_);
     153                int pun;
     154                pun = find_hole(which, pzx, pzy, pzz, chambers, kx_, ky_, kz_);
     155
     156                chambers[which]->holeX = (float)chambers[which]->points[pun][0];
     157                chambers[which]->holeY = (float)chambers[which]->points[pun][1];
     158                chambers[which]->holeZ = (float)chambers[which]->points[pun][2];
     159        }
     160}
     161
     162void GenoConv_fF0::fill_cos_and_sin()
     163{
     164        int i;
     165        double pi = acos(-1.0);
     166        double angle = pi / (((double)fF_LATITUDE_NUM)*0.5);
     167        for (i = 0; i < fF_LATITUDE_NUM; i++)
     168        {
     169                cosines[i] = cos((double)i * angle);
     170                sines[i] = sin((double)i * angle);
     171        }
     172}
     173
     174double** GenoConv_fF0::generate_points(fF_chamber3d *chamber, int which, double kx_, double ky_, double kz_)
     175{
     176        float radius = chamber->radius;
     177        float cenx = chamber->centerX;
     178        float ceny = chamber->centerY;
     179        float cenz = chamber->centerZ;
     180
     181        double maxX = 0;
     182        double maxY = 0;
     183        double minX = 0;
     184        double minY = 0;
     185        double minZ = 0;
     186
     187        double kx = 1;
     188        double ky = 1;
     189        double kz = 1;
     190
     191        if (which > 0) {
     192                for (int kt = 1; kt < (which + 1); kt++) {
     193                        kx = kx * kx_;
     194                        ky = ky * ky_;
     195                        kz = kz * kz_;
     196                }
     197        }
     198
     199        int i, j;
     200        double x, y, z;
     201
     202        double **points = new double*[fF_SIZE];
     203        for (int i = 0; i < fF_SIZE; i++) {
     204                points[i] = new double[4];
     205        }
     206
     207        for (i = 0; i < fF_LONGITUDE_NUM; i++) {
     208                if (kx_ == 1 && ky_ == 1 && kz_ == 1) {
     209                        y = ceny + radius * cosines[i];
     210                }
     211                else {
     212                        y = ceny + ky * cosines[i];
     213                }
     214                for (j = 0; j < fF_LATITUDE_NUM; j++) {
     215                        if (kx_ == 1 && ky_ == 1 && kz_ == 1) {
     216                                points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][0] = x = cenx + radius * cosines[j] * sines[i];
     217                                points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][1] = y;
     218                                points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][2] = z = cenz + radius * sines[j] * sines[i];
     219                        }
     220                        else {
     221                                points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][0] = x = cenx + kx * cosines[j] * sines[i];
     222                                points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][1] = y;
     223                                points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][2] = z = cenz + kz * sines[j] * sines[i];
     224                        }
     225
     226                        points[(i * fF_LATITUDE_NUM) + j][3] = 1.0;
     227                        if (x < minX) minX = x;
     228                        if (x > maxX) maxX = x;
     229                        if (y < minY) minY = y;
     230                        if (y > maxY) maxY = y;
     231
     232                        if (z < minZ) minZ = z;
     233                };
     234        };
     235        return points;
     236
     237}
     238
     239double GenoConv_fF0::dist(double x1, double y1, double z1, double x2, double y2, double z2)
     240{
     241        return sqrt((x2 - x1)*(x2 - x1) + (y2 - y1)*(y2 - y1) + (z2 - z1)*(z2 - z1));
     242}
     243
     244void GenoConv_fF0::search_hid(int nr, fF_chamber3d **spheres, double kx_, double ky_, double kz_)
     245{
     246        int i, j;
     247        if (nr != 0) {
     248                for (i = 0; i < nr; i++) {
     249                        for (j = 0; j < fF_AMOUNT; j++) {
     250                                double X = spheres[nr]->points[j][0];
     251                                double Y = spheres[nr]->points[j][1];
     252                                double Z = spheres[nr]->points[j][2];
     253
     254                                double srX0 = spheres[i]->centerX;
     255                                double srY0 = spheres[i]->centerY;
     256                                double srZ0 = spheres[i]->centerZ;
     257
     258                                double a2;
     259                                double b2;
     260                                double c2;
     261
     262                                if (kx_ != 1) {
     263                                        a2 = (kx_ * kx_);
     264                                }
     265                                else {
     266                                        a2 = (spheres[i]->radius * spheres[i]->radius);
     267                                }
     268
     269                                if (ky_ != 1) {
     270                                        b2 = (ky_ * ky_);
     271
     272                                }
     273                                else {
     274                                        b2 = (spheres[i]->radius * spheres[i]->radius);
     275                                }
     276
     277                                c2 = (kz_ * spheres[i]->radius) * (kz_ * spheres[i]->radius);
     278
     279                                double up1 = (X - srX0) * (X - srX0);
     280                                double up2 = (Y - srY0) * (Y - srY0);
     281                                double up3 = (Z - srZ0) * (Z - srZ0);
     282
     283                                double exp = up1 / a2;
     284                                double exp2 = up2 / b2;
     285                                double exp3 = up3 / c2;
     286
     287                                double result = exp + exp2 + exp3;
     288
     289                                if (result < (fF_THICK_RATIO)
     290                                        ) {
     291                                        spheres[nr]->points[j][3] = 0;
     292                                }
     293                        }
     294                }
     295        }
     296}
     297
     298int GenoConv_fF0::find_hole(int which, double x, double y, double z, fF_chamber3d **chambers, double kx_, double ky_, double kz_)
     299{
     300        int i;
     301        double distance;
     302        int found = 0;
     303        double dist_found = 0;
     304        int first = 1;
     305
     306        for (i = 0; i < fF_AMOUNT; i++) {
     307                if (chambers[which]->points[i][3] != 0) //it is not inside another chamber
     308                {
     309                        distance = sqrt((chambers[which]->points[i][0] - x)*(chambers[which]->points[i][0] - x) +
     310                                (chambers[which]->points[i][1] - y)*(chambers[which]->points[i][1] - y) +
     311                                (chambers[which]->points[i][2] - z)*(chambers[which]->points[i][2] - z));
     312                        if (first != 0) {
     313                                found = i;
     314                                dist_found = distance;
     315                                first = 0;
     316                        }
     317                        if (distance < dist_found) {
     318                                if (which != 0) {
     319                                        bool good = true;
     320                                        for (int j = 0; j < which; j++) {
     321                                                {
     322                                                        double X = chambers[which]->points[i][0];
     323                                                        double Y = chambers[which]->points[i][1];
     324                                                        double Z = chambers[which]->points[i][2];
     325
     326                                                        double srX0 = chambers[j]->centerX;
     327                                                        double srY0 = chambers[j]->centerY;
     328                                                        double srZ0 = chambers[j]->centerZ;
     329
     330                                                        double a2 = (kx_ * chambers[j]->radius) * (kx_ * chambers[j]->radius);
     331                                                        double b2 = (ky_ * chambers[j]->radius) * (ky_ * chambers[j]->radius);
     332                                                        double c2 = (kz_ * chambers[j]->radius) * (kz_ * chambers[j]->radius);
     333
     334                                                        double up1 = (X - srX0) * (X - srX0);
     335                                                        double up2 = (Y - srY0) * (Y - srY0);
     336                                                        double up3 = (Z - srZ0) * (Z - srZ0);
     337
     338                                                        double exp1 = up1 / a2;
     339                                                        double exp2 = up2 / b2;
     340                                                        double exp3 = up3 / c2;
     341
     342                                                        double result = exp1 + exp2 + exp3;
     343                                                        if (result < 1.0)
     344                                                        {
     345                                                                good = false;
     346                                                        }
     347                                                }
     348                                        }
     349                                        if (good) {
     350                                                found = i;
     351                                                dist_found = distance;
     352                                        }
     353                                }
     354                        }
     355                }
     356        }
     357
     358        return (found);
     359}

  • cpp/frams/genetics/fF/conv_fF.h

    r174 r176  
    66#define _CONV_FF_H_
    77
    8 #define TOO_MUCH 0.75
    9 #define TOO_LITTLE 0.10
     8#define fF_TOO_MUCH 0.75
     9#define fF_TOO_LITTLE 0.10
    1010
    11 #define HOLE_RADIUS 0.05f
    12 #define LONGITUDE_NUM 69
     11#define fF_HOLE_RADIUS 0.05f
     12#define fF_LONGITUDE_NUM 69
    1313
    14 #define LATITUDE_NUM ((LONGITUDE_NUM - 1)*2)
    15 #define AMOUNT ((LATITUDE_NUM)*(LONGITUDE_NUM))
     14#define fF_LATITUDE_NUM ((fF_LONGITUDE_NUM - 1)*2)
     15#define fF_AMOUNT ((fF_LATITUDE_NUM)*(fF_LONGITUDE_NUM))
    1616
    17 #define THICK_RATIO 0.95
     17#define fF_THICK_RATIO 0.95
    1818
    19 #define SIZE LONGITUDE_NUM * LATITUDE_NUM + LATITUDE_NUM
     19#define fF_SIZE fF_LONGITUDE_NUM * fF_LATITUDE_NUM + fF_LATITUDE_NUM
    2020
    2121#include <frams/util/multimap.h>
    … …  
    2525
    2626// The f9->f0 converter
    27 
    2827class GenoConv_fF0 : public GenoConverter {
    2928public:
    30     GenoConv_fF0();
    31     ~GenoConv_fF0();
    32     //implementation of the GenoConverter method
    33     SString convert(SString &in, MultiMap *map);
     29        GenoConv_fF0();
     30        ~GenoConv_fF0();
     31        //implementation of the GenoConverter method
     32        SString convert(SString &in, MultiMap *map);
    3433
    3534protected:
    36     double* cosines;
    37     double* sines;
    38     void createSphere(int ktora, fF_chamber3d **chambers, double radius, double div_radius_length, double div_vector_length,
    39     double alpha, double gamma, double kx, double ky, double kz);
    40     double** generate_points(fF_chamber3d *chamber, int which, double kx, double ky, double kz);
    41     void fill_cos_and_sin();
    42     double dist(double x1, double y1, double z1, double x2, double y2, double z2);
    43     void search_hid(int nr, fF_chamber3d **spheres, double kx_, double ky_, double kz_);
    44     int find_hole(int which, double x, double y, double z, fF_chamber3d **chambers, double kx_, double ky_, double kz_);
     35        double* cosines;
     36        double* sines;
     37        void createSphere(int ktora, fF_chamber3d **chambers, double radius, double div_radius_length, double div_vector_length,
     38                double alpha, double gamma, double kx, double ky, double kz);
     39        double** generate_points(fF_chamber3d *chamber, int which, double kx, double ky, double kz);
     40        void fill_cos_and_sin();
     41        double dist(double x1, double y1, double z1, double x2, double y2, double z2);
     42        void search_hid(int nr, fF_chamber3d **spheres, double kx_, double ky_, double kz_);
     43        int find_hole(int which, double x, double y, double z, fF_chamber3d **chambers, double kx_, double ky_, double kz_);
    4544};
    4645
    4746#endif
    48 
    49 

  • cpp/frams/genetics/fF/fF_chamber3d.cpp

    r174 r176  
    22// Copyright (C) 2002-2014  Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski.  See LICENSE.txt for details.
    33// Refer to http://www.framsticks.com/ for further information.
     4
    45#include "fF_chamber3d.h"
    56#include "conv_fF.h"
    … …  
    89fF_chamber3d::~fF_chamber3d()
    910{
    10     for (int i = 0; i < SIZE; i++){
    11         delete []points[i];
    12     }
    13     delete []points;
    14 }   
     11        for (int i = 0; i < fF_SIZE; i++)
     12                delete[] points[i];
     13        delete[] points;
     14}
    1515
    1616fF_chamber3d::fF_chamber3d(float centerX, float centerY, float centerZ,
    17 float radius, float holeX, float holeY, float holeZ,
    18 float vectorTfX, float vectorTfY, float vectorTfZ, float beta, float phi)
     17        float radius, float holeX, float holeY, float holeZ,
     18        float vectorTfX, float vectorTfY, float vectorTfZ, float beta, float phi)
    1919{
    20         points = NULL;
     20        points = NULL;
    2121        this->centerX = centerX;
    2222        this->centerY = centerY;
    … …  
    3030        this->vectorTfZ = vectorTfZ;
    3131        this->beta = beta;
    32         this->phi = phi;                       
     32        this->phi = phi;
    3333}

  • cpp/frams/genetics/fF/fF_chamber3d.h

    r174 r176  
    22// Copyright (C) 2002-2014  Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski.  See LICENSE.txt for details.
    33// Refer to http://www.framsticks.com/ for further information.
     4
    45#ifndef CHAMBER3D_H
    56#define CHAMBER3D_H
    67
    7 //chamber parameters
    8 
     8//Chamber parameters; see http://www.framsticks.com/foraminifera
    99class fF_chamber3d
    1010{
    … …  
    2222        float beta;
    2323        float phi;
    24         double **points;
     24        double **points;
    2525
    26         ~fF_chamber3d();
     26        ~fF_chamber3d();
    2727        fF_chamber3d(float centerX, float centerY, float centerZ,
    28         float radius, float holeX, float holeY, float holeZ,
    29         float vectorTfX, float vectorTfY, float vectorTfZ, float beta, float phi);
    30 
     28                float radius, float holeX, float holeY, float holeZ,
     29                float vectorTfX, float vectorTfY, float vectorTfZ, float beta, float phi);
    3130};
    3231
    33 
    3432#endif  /* CHAMBER3D_H */

  • cpp/frams/genetics/fF/fF_genotype.cpp

    r174 r176  
    1010        { "fF", 1, 7, "fF" },
    1111        { "n", 0, PARAM_CANOMITNAME, "number of chambers", "d 1 15 1", FIELD(number_of_chambers), },
    12         { "sx", 0, PARAM_CANOMITNAME, "scale x", "f 1.0 1.1 1.01", FIELD(scalex), },
    13         { "sy", 0, PARAM_CANOMITNAME, "scale y", "f 1.0 1.1 1.01", FIELD(scaley), },
    14         { "sz", 0, PARAM_CANOMITNAME, "scale z", "f 1.0 1.1 1.01", FIELD(scalez), },
    15         { "tr", 0, PARAM_CANOMITNAME, "translation factor", "f -1 1 0.5", FIELD(translation), },
     12        { "sx", 0, PARAM_CANOMITNAME, "scale x", "f 1.0 1.1 1.05", FIELD(scalex), },
     13        { "sy", 0, PARAM_CANOMITNAME, "scale y", "f 1.0 1.1 1.05", FIELD(scaley), },
     14        { "sz", 0, PARAM_CANOMITNAME, "scale z", "f 1.0 1.1 1.05", FIELD(scalez), },
     15        { "tr", 0, PARAM_CANOMITNAME, "translation factor", "f -1 1 0", FIELD(translation), },
    1616        { "a1", 0, PARAM_CANOMITNAME, "angle 1", "f -3.1415926 3.1415926 0", FIELD(angle1), },
    1717        { "a2", 0, PARAM_CANOMITNAME, "angle 2", "f -3.1415926 3.1415926 0", FIELD(angle2), },

  • cpp/frams/genetics/fF/fF_genotype.h

    r145 r176  
    1010#include <frams/param/param.h>
    1111
     12//Growth parameters; see http://www.framsticks.com/foraminifera
    1213struct fF_growth_params
    1314{
    … …  
    3536                SString s = serialized;
    3637                int p = 0; //position in string
    37                 return ((param.load2(s, p)==7) && (p==s.len()));
     38                return ((param.load2(s, p) == 7) && (p == s.len()));
    3839        }
    3940
    … …  
    4647};
    4748
    48 
    4949#endif

  • cpp/frams/genetics/fF/oper_fF.h

    r145 r176  
    1818        int crossOver(char *&g1, char *&g2, float& chg1, float& chg2);
    1919        unsigned long style(const char *g, int pos);
    20         const char* getSimplest() { return "6,0.8,0.85,0.9,0.6,0.3,0.7"; }
     20        const char* getSimplest() { return "6, 1.05, 1.05, 1.05, 0, 0, 0"; }
    2121
    2222        double xover_proportion;
    … …  
    2424
    2525#endif
     26
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.