Changeset 422 for experiments


Ignore:
Timestamp:
08/24/15 19:57:12 (9 years ago)
Author:
oriona
Message:

new species added, hibernation added, morphology changed to more realistic, parameters in .show changed, refactoring

Location:
experiments/frams/foraminifera/data/scripts
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • experiments/frams/foraminifera/data/scripts/foraminifera.expdef

    r421 r422  
    66user1:
    77genes which are not encoded in Ff genotype:
    8 minenergy - Minimum stored energy necessary for reproduction
    9 minage - minimal age for reproduction
     8min_repro_energy - Minimum energy necessary for reproduction
     9hibernation - Defines foram behavior in the case of no nutrients
    1010
    1111user2:
    1212Physiological parameters of foraminifera:
    13 Va - amount of the stored energy
     13max_energy_level - maximum energy level reached so far
    1414gen - generation: 0 haploid, 1 diploid
     15species - species: 0 not hibernating 1 hibernating
     16hibernated - 0/1 foram isn't/is hibernated
     17reproduce - 0/1 foram isn't/is ready for reproduction
    1518~
    1619code:~
    … …  
    2831global nutrientenergywaiting;
    2932global reprocounter;
     33global colors;
     34global chambers;
     35global o;
     36global max_chamber_energ;
     37
    3038
    3139@include "foraminifera.inc"
    … …  
    3947        Populations.clear();
    4048        GenePools[0].name = "Unused";
    41 
    42         SignalView.mode = 1;
    4349
    4450        var pop = Populations[0];
    … …  
    5258        pop.othermask = 0x20001;
    5359        //pop.selfmask = 0x20002; pop.othermask = 0x10002;
    54         pop.perfperiod = 25;
     60        pop.perfperiod = 25; 
    5561
    5662        pop = Populations.addGroup("Nutrients");
    … …  
    6167        pop.selfmask = 0x20002;
    6268        pop.othermask = 0x10000;
    63 
    64         //radius of the chamber
    65         ExpParams.rads = [1.2, 0.6];
    66         //inital genotypes
    67         ExpParams.genh = createForamGenotype(ExpParams.rads[0]);
    68         ExpParams.gend = createForamGenotype(ExpParams.rads[1])+"\nn:p=0,d=\"S\"";
     69        //pop.othermask = 0x10002;
     70
     71        //world
     72        SignalView.mode = 1;
     73        ExpParams.world_size = 100;
     74        World.wrldwat = ExpParams.world_size;
     75        World.wrldsiz = ExpParams.world_size;
     76        World.wrldbnd = 1;
     77        ExpParams.stress = 1;
    6978        ExpParams.creath = -0.99; //just above the bottom
    70         ExpParams.e_meta = 0.1;
    71         ExpParams.feedrate = 0.5;
    72         ExpParams.feede0 = 100;
    73         ExpParams.feedtrans = 3;
    74         ExpParams.nutrientsize = 0.1;
    75         ExpParams.nutrientgen = "//0\np:sh=2,sx="+ExpParams.nutrientsize+",sy="+ExpParams.nutrientsize+",sz="+ExpParams.nutrientsize+"\nn:d=T,p=0";
    7679        ExpParams.autorestart = 0;
    77         ExpParams.popsize = 10;
     80
    7881        //ExpParams.logging = 1; //uncomment to enable logging simulation parameters to log files
    7982
    80         //number of offspring
    81         ExpParams.energy0h = 40;
    82         ExpParams.energy0d = 25;
    83         //minial volume for reproduction
    84         ExpParams.minenerg = [300, 300];
    85         //minimal age for reproduction
    86         ExpParams.minage = [100, 100];
    87         //crossover probability
     83        //reproduction
     84        ExpParams.foramPop = 3;
    8885        ExpParams.crossprob = 0.4;
    89         //mutation probability
    9086        ExpParams.mutationprob = 0.2;
    91         ExpParams.repro_time = 45;
    92 
    93         //grwoth speed in simulation steps
    94         ExpParams.growth_step = 50;
    95 
     87        ExpParams.repro_time = 20;
     88        reprocounter = 0;
     89
     90        //morphology
     91        init_chambers();
     92        ExpParams.chamber_proculus_haplo = scale(60);
     93        ExpParams.chamber_difference_haplo = 0.0;
     94        ExpParams.chamber_proculus_diplo = scale(20);
     95        ExpParams.chamber_difference_diplo = 0.2;
     96        max_chamber_energ = [Vector.new(), Vector.new()];
     97        for (var j = 0; j < 2; j++)
     98        {
     99                for (var i = 0; i < chambers[0].size; i++)
     100                {
     101                        max_chamber_energ[j].add(((Math.pow(getProperty(j, "chamber_proculus"),3) + Math.pow(getProperty(j, "chamber_proculus") + (i) * getProperty(j, "chamber_difference"),3))*(i+1))/2);
     102
     103                }                                 
     104        }
     105        ExpParams.zone1_range = scale(250);
     106        ExpParams.zone2_range = scale(5000);
     107
     108        //energetics
     109        ExpParams.min_repro_energ_haplo = max_chamber_energ[0][2];
     110        ExpParams.min_repro_energ_diplo = max_chamber_energ[1][8];
     111        ExpParams.e_meta = 0.00003 * max_chamber_energ[0][0];
     112        ExpParams.energy_hib = 0.00003 * max_chamber_energ[0][0];
     113        ExpParams.energy_move = 0.0003 * max_chamber_energ[0][0];
     114        ExpParams.energies0_haplo = max_chamber_energ[0][0] - 0.1*max_chamber_energ[0][0];
     115        ExpParams.energies0_diplo = max_chamber_energ[1][0] - 0.1*max_chamber_energ[1][0];
     116        ExpParams.feedtrans = 0.05;
     117        ExpParams.e_repro_cost_haplo = 0.5;
     118        ExpParams.e_repro_cost_diplo = 0.3;
     119
     120        //nutrients
     121        ExpParams.nutrientsize = scale(10);
     122        ExpParams.energy_nut = 100 * Math.pow(ExpParams.nutrientsize, 3);
     123        ExpParams.nutrientPop = 10;
     124        ExpParams.feedrate = 0.0025;
     125        nutrientenergywaiting = ExpParams.energy_nut;
    96126        ExpState.totaltestedcr = 0;
    97127        ExpState.nutrient = "";
    98         nutrientenergywaiting = ExpParams.feede0;
    99         reprocounter = 0;
    100 
    101         ExpParams.worldsize = 50;
    102         World.wrldwat = 50;
    103         World.wrldsiz = ExpParams.worldsize;
    104         World.wrldbnd = 1;
    105128}
    106129
    107130@include "standard_placement.inc"
     131
     132function scale(x)
     133{
     134        return x*0.025;
     135}
     136
     137function getProperty(gen, prop_id)
     138{
     139        var ploid = "haplo";
     140        if (gen == 1) ploid = "diplo";
     141        return ExpParams.[prop_id + "_" + ploid];
     142}
     143
     144function addInitialForam(species, i)
     145{
     146        var geno = createForamGenotype(0, species, 0);
     147        var cr = Populations[0].add(geno);
     148        cr.name = "Initial creature" + species + "_" + i;
     149        placeCreatureRandomly(cr, 0, 0);
     150        cr.energy0 = getProperty(0, "energies0");
     151        cr.energy = cr.energy0;
     152        setGenotype({"opt" : 0, "cr" : cr, "species" : species});
     153}
    108154
    109155function onExpInit()
    … …  
    112158        Populations[1].clear();
    113159
    114         for (var i = 0; i < ExpParams.popsize; i++)
    115         {
    116                 var cr = Populations[0].add(ExpParams.genh);
    117                 cr.name = "Initial creature" + i;
    118                 placeCreatureRandomly(cr, 0, 0);
    119                 cr.energy0 = ExpParams.energy0h;
    120                 cr.energy = cr.energy0;
    121                 cr.user1 = {"minenergy" : ExpParams.minenerg[0], "minage": ExpParams.minage[0]};
    122                 cr.user2 = {"Va" : ExpParams.energy0h, "gen" : 0, "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize" : ExpParams.rads[0], "vinit" : ExpParams.energy0h};
    123         }
     160        for (var i = 0; i < ExpParams.foramPop; i++)
     161        {
     162                addInitialForam(0, i); 
     163                addInitialForam(1, i);
     164        }
     165        o = Populations[0][0].getMechPart(0).orient.clone();
    124166        ExpState.totaltestedcr = 0;
    125         nutrientenergywaiting = ExpParams.feede0;
     167        nutrientenergywaiting = ExpParams.energy_nut;
    126168}
    127169
    … …  
    191233// -------------------------------- foram begin -----------------------------------
    192234
    193 function createForamGenotype(radius)
    194 {
    195         return "//0\np:sh=1,sx=" + radius + ",sy=" + radius + ",sz=" + radius + ", rz=3.14159265358979";
    196 }
    197 
    198235function onForamsBorn(cr)
    199236{
    … …  
    214251}
    215252
    216 function readyToRepro(cr)
    217 {
    218         cr.signals.add("repro");
    219         cr.signals[0].power = 1;
    220 }
    221 
    222 function foramMove(cr)
    223 {
    224         //TODO moving inside sediment?
    225         cr.moveAbs(cr.pos_x, cr.pos_y, 0); //adjustment in z axis
    226 
     253function foramGrow(cr, chamber_num)
     254{
     255        var geno = createForamGenotype(cr.user2["gen"], cr.user2["species"], chamber_num);
     256        var cr2 = Populations[0].add(geno);
     257
     258        cr2.energy0 = cr.energy;
     259        cr2.energy = cr2.energy0;
     260
     261        setGenotype({"cr" : cr2, "parent_user1" : cr.user1, "parent_user2" : cr.user2, "opt" : 2});
     262        cr2.moveAbs(cr.center_x - cr2.size_x / 2, cr.center_y - cr2.size_y / 2, cr.pos_z);
     263
     264        Populations[0].delete(cr);
     265}
     266
     267function stepToNearest(cr, range)
     268{
    227269        var p = cr.getMechPart(0);
    228         var n = cr.signals.receiveSet("nutrient", ExpParams.nutrient_range);
     270        var n = cr.signals.receiveSet("nutrient", ExpParams.zone2_range);
    229271
    230272        //if signals are received find the source of the nearest
    231273        if (n.size > 0)
    232274        {
    233 
    234275                var i;
    235276                var mp;
    … …  
    255296                mindistvec.scale(-0.08);
    256297                cr.localDrive = mindistvec;
    257         }
    258 
     298                return 1;
     299        }
     300       
    259301        else
     302                return 0;
     303}
     304
     305function moveEnergyDec(cr)
     306{
     307        if (cr.user2["hibernated"] == 1)
     308        {
     309                cr.energy_m += ExpParams.energy_hib;
     310        }
     311        else
     312        {
     313                cr.energy_m += ExpParams.energy_move;
     314        }
     315}
     316
     317function foramMove(cr)
     318{
     319        //TODO moving inside sediment?
     320
     321        //adjustment in z axis
     322        cr.moveAbs(cr.pos_x, cr.pos_y, 0.5);
     323
     324        //are there any nutrients in zone 1?
     325        if (cr.boundingBoxCollisions() == 2)
     326        {
     327                if (cr.user2["hibernated"] == 1)
     328                        cr.user2["hibernated"] = 0;
     329                return;
     330        }
     331
     332        else if (cr.user2["hibernated"] == 1)
     333        {
     334                moveEnergyDec(cr);
     335                return;
     336        }
     337
     338        //are there any nutrients in zone 2?
     339        else
     340        {
     341                var moved = stepToNearest(ExpParams.zone2_range); //TODO weighted sum of distance and energy
     342                if (moved==1)
     343                {
     344                        moveEnergyDec(cr);
     345                        return;
     346                }
     347        }
     348
     349        //no nutrients in zone 2
     350
     351        var hibernation = 0;
     352        if (cr.user2["gen"] == 0) hibernation =  cr.user1["hibernation"];
     353        else hibernation =  cr.user1[0]["hibernation"];
     354        //hibernation
     355        if (hibernation == 1)
     356        {
     357                moveEnergyDec(cr);
     358                cr.user2["hibernated"] = 1;
     359                cr.localDrive = XYZ.new(0,0,0);
     360        }
     361        //random move
     362        else
    260363        {
    261364                cr.localDrive = (0.1 * Math.rnd01, 0.1 * Math.rnd01, 0);
    262         }
    263 }
    264 
    265 function foramGrow(cr)
    266 {
    267                 //TODO how size is related to the energy?
    268                 cr.user2["rsize"] = ExpParams.rads[cr.user2["gen"]] * Math.min(Math.max(float(cr.user2["Va"] / cr.user2["vinit"]) * 0.5, 1.0), 2.5);
    269                 var geno = createForamGenotype(cr.user2["rsize"]);
    270                 if (cr.user2["gen"] == 1)
     365                moveEnergyDec(cr);
     366        }
     367}
     368
     369function onForamsCollision()
     370{
     371        if (Collision.Creature1.user2 != null)
     372        {
     373                Collision.Creature1.localDrive = XYZ.new(0,0,0);
     374                var e = Collision.Part2.ing * ExpParams.feedtrans; //TODO efficiency dependent on age
     375                //Simulator.print("transferring "+e+" to "+Collision.Creature1.name+" from "+Collision.Creature2.name+" ("+Collision.Creature2.energy+")");
     376                Collision.Creature2.energy_m = Collision.Creature2.energy_m + e;
     377                Collision.Creature1.energy_p = Collision.Creature1.energy_p + e;
     378                Collision.Creature1.user2["hibernated"] = 0;
     379        }
     380}
     381
     382function onForamsStep(cr)
     383{
     384        cr.getMechPart(0).orient.set(o);
     385
     386        if (deathConditions(cr) == 1)
     387        {
     388                Populations[0].kill(cr);
     389                return;
     390        }
     391
     392        foramMove(cr);
     393
     394        cr.user2["max_energy_level"] = Math.max(cr.energy, cr.user2["max_energy_level"]);
     395        if  (cr.numparts <= chambers[0].size)
     396        {
     397                if ((cr.user2["max_energy_level"] >= max_chamber_energ[cr.user2["gen"]][cr.numparts-1]))       
    271398                {
    272                         geno += "\nn:p=0,d=\"S\""; //TODO why initial genotypes are not used as defined in ExpParams?
    273                         //TODO maybe it would be nice if they rotated so the "S" would show where they are going (direction/intention)
    274                 }
    275                 var cr2 = Populations[0].add(geno);
    276                 cr2.energy0 = cr.energy;
    277                 cr2.energy = cr2.energy0;
    278                 setGenotype(cr2, cr.user1, cr.user2);
    279                 cr2.moveAbs(cr.center_x - cr2.size_x / 2, cr.center_y - cr2.size_y / 2, cr.pos_z);
    280 
    281                 Populations[0].delete(cr);
    282 }
    283 
    284 function onForamsStep(cr)
    285 {
    286         foramMove(cr);
    287 
    288         //energy costs depend on size
    289         if (cr.energy > 100)
    290         {
    291                 //TODO energy costs dependent on size
    292                 // cr.energy_m = cr.user2["Va"]/cr.user2["vinit"];
    293         }
    294 
    295         //TODO lifespan should not be used, it is set to 0 with every growth_step
    296         if (cr.lifespan >= ExpParams.max_age)
    297         {
    298                 //TODO what is max age value? should there be one
    299                 //Populations[0].kill(cr);
    300                 //return;
    301         }
    302 
    303         //foram growth
    304         if (cr.lifespan == cr.user2["growth_step"])
    305         {
    306                 foramGrow(cr);
    307         }
     399                        foramGrow(cr, cr.numparts);
     400                        return;
     401                }       
     402        }
     403
     404        foramReproduce(cr);     
     405}
     406
     407function deathConditions(cr)
     408{
     409        if ((cr.energy <= ExpParams.e_death_level) || (Math.rnd01 < ExpParams.hunted_prob))
     410                return 1;
    308411        else
    309         {
    310                 var properSize = 0;
    311 
    312                 if (cr.user2["gen"] == 0)
    313                 {
    314                         properSize = cr.user2["Va"] >= cr.user1["minenergy"];
    315                 }
    316                 else
    317                 {
    318                         properSize = cr.user2["Va"] >= cr.user1[0]["minenergy"]; //TODO gene selection
    319                 }
    320 
    321                 //if creature has proper age and cytoplasm amount
    322                 if ( properSize )
    323                 {
    324                         //reproduce with probability repro_prob
    325                         if (Math.rnd01 <= ExpParams.repro_prob)
    326                         {
    327                                 readyToRepro(cr);
    328                         }
    329                 }
    330                 if ( properSize && (cr.signals.receive("repro") > 0))
    331                 {
    332                         readyToRepro(cr);
    333                 }
    334         }
     412                return 0;
    335413}
    336414
    … …  
    345423}
    346424
    347 function setGenotype(cr, new_user1, new_user2)
    348 {
    349         cr.user2 = {"Va" : new_user2["Va"], "gen" : new_user2["gen"], "growth_step" : new_user2["growth_step"], "rsize" : new_user2["rsize"], "vinit": new_user2["vinit"]};
    350         if (cr.user2["gen"] == 0)
    351         {
    352                 cr.user1 = {"minenergy" : new_user1["minenergy"], "minage": new_user1["minage"] };
    353         }
    354         else if (cr.user2["gen"] == 1)
    355         {
    356                 cr.user1 = [ {"minenergy" : new_user1[0]["minenergy"], "minage": new_user1[0]["minage"] }, {"minenergy" : new_user1[1]["minenergy"], "minage": new_user1[1]["minage"] }];
    357         }
    358 
    359 }
    360 
    361425// --------------------------------foram end -------------------------------------
    362426
    363427// -------------------------------- nutrient begin --------------------------------
    364428
     429function createNutrientGenotype(nutrientsize, zone1_range)
     430{
     431        return "//0\np:sh=3,sx="+nutrientsize+",sy="+(zone1_range + nutrientsize)+",sz="+(zone1_range+nutrientsize)+",ry=1.5,vr=0.0,1.0,0.0";
     432}
     433
    365434function onNutrientsStep(cr)
    366435{
    367         cr.moveAbs(cr.pos_x % ExpParams.worldsize, cr.pos_y % ExpParams.worldsize, 0.5);
     436        cr.moveAbs(cr.pos_x % ExpParams.world_size, cr.pos_y % ExpParams.world_size, -ExpParams.zone1_range+0.5);
    368437}
    369438
    370439function addNutrient()
    371440{
    372         var cr = Populations[1].add(ExpParams.nutrientgen);
     441        var cr = Populations[1].add(createNutrientGenotype(ExpParams.nutrientsize, ExpParams.zone1_range));
    373442
    374443        cr.name = "Nutrients";
    375444        cr.idleen = 0;
    376         cr.energy0 = ExpParams.feede0;
     445        cr.energy0 = ExpParams.energy_nut;
    377446        cr.energy = cr.energy0;
    378447        cr.signals.add("nutrient");
    … …  
    380449        cr.signals[0].value = cr.getMechPart(0);
    381450
    382         placeRandomlyNotColliding(cr);
    383 }
    384 
    385 function onNutrientsCollision()
    386 {
    387         if (Collision.Creature2.user2 != null)
    388         {
    389                 var e = Collision.Part2.ing * ExpParams.feedtrans;
    390                 //Simulator.print("transferring "+e+" from "+Collision.Creature1.name+" to "+Collision.Creature2.name+" ("+Collision.Creature2.energy+")");
    391                 Collision.Creature1.energy_m = Collision.Creature1.energy_m + e;
    392                 Collision.Creature2.energy_p = Collision.Creature2.energy_p + e;
    393                 Collision.Creature2.user2["Va"] = float(Collision.Creature2.user2["Va"]) + float(e);
     451        placeCreatureRandomly(cr, 0, 0);
     452}
     453
     454function nutrientGrowth()
     455{
     456        nutrientenergywaiting = nutrientenergywaiting + ExpParams.feedrate;
     457        if (nutrientenergywaiting > ExpParams.energy_nut)
     458        {
     459                for (var i = 0; i < ExpParams.nutrientPop; i++)
     460                {
     461                        addNutrient();
     462                }
     463
     464                nutrientenergywaiting = 0.0;
     465                Simulator.checkpoint();
    394466        }
    395467}
    … …  
    397469// -------------------------------- nutrient end --------------------------------
    398470
     471// -------------------------------- step begin --------------------------------
     472
     473function onStep()
     474{
     475        if (ExpParams.logging == 1)
     476        {
     477                createStatistics();
     478        }
     479
     480        nutrientGrowth();
     481
     482        //reproduction --------------------------------------------
     483        reprocounter += 1;
     484        if (reprocounter > ExpParams.repro_time)
     485        {
     486                reprocounter = 0;
     487                reproduce_parents(0);
     488                reproduce_parents(1);
     489        }
     490
     491        //check for extinction -----------------------------------------------
     492        if (Populations[0].size == 0)
     493        {
     494                if (ExpParams.autorestart)
     495                {
     496                        Simulator.print("no more creatures, restarting...");
     497                        onExpInit();
     498                }
     499                else
     500                {
     501                        Simulator.print("no more creatures, stopped.");
     502                        Simulator.stop();
     503                }
     504        }
     505}
     506
     507function createStatistics()
     508{       
     509        var number_ploidy = [0, 0];
     510        var number_species = [0, 0];
     511        var e_inc = [0.0, 0.0];
     512        var e_nut = 0.0;
     513
     514        for (var i = 0; i < Populations[0].size; i++)
     515        {
     516                var cr = Populations[0].get(i);
     517                var gen = cr.user2["gen"];
     518                number_ploidy[gen] = number_ploidy[gen] + 1;
     519                var species = cr.user2["species"];
     520                number_species[species] = number_species[species] + 1;
     521                e_inc[gen] = e_inc[gen] + cr.energy;
     522        }
     523
     524        for (var i = 0; i < Populations[1].size; i++)
     525        {
     526                var cr = Populations[1].get(i);
     527                e_nut += cr.energy;
     528        }
     529
     530        var log_numbers = [number_ploidy[0], number_ploidy[1], Populations[1].size];
     531        var log_species = [number_species[0], number_species[1]];
     532        var log_energy = [e_inc[0], e_inc[1], e_nut];
     533
     534        log(log_numbers, "log_sizes.txt");
     535        log(log_species, "log_species.txt");
     536        log(log_energy, "log_energy.txt");
     537}
    399538
    400539function log(tolog, fname)
    … …  
    410549}
    411550
    412 
    413 
     551// -------------------------------- step end --------------------------------
    414552
    415553@include "standard_events.inc"
    … …  
    418556
    419557prop:
    420 id:max_age
    421 name:Maximal age
    422 type:d 100 1000 500
    423 group:Foraminifera
    424 
    425 prop:
    426 id:worldsize
     558id:e_repro_cost_haplo
     559name:cost of reproduction
     560type:f 0.1 0.9 0.5
     561group:Foraminifera
     562
     563prop:
     564id:e_repro_cost_diplo
     565name:cost of reproduction
     566type:f 0.1 0.9 0.3
     567group:Foraminifera
     568
     569prop:
     570id:chamber_proculus_haplo
     571name:size of proculus
     572type:f
     573group:Foraminifera
     574
     575prop:
     576id:chamber_proculus_diplo
     577name:size of proculus
     578type:f
     579group:Foraminifera
     580
     581prop:
     582id:chamber_difference_haplo
     583name:difference in size between subsequent chambers
     584type:f
     585group:Foraminifera
     586
     587prop:
     588id:chamber_difference_diplo
     589name:difference in size between subsequent chambers
     590type:f
     591group:Foraminifera
     592
     593prop:
     594id:hunted_prob
     595name:Probability of being hunted
     596type:f 0 1 0
     597group:Forminifera
     598
     599prop:
     600id:zone1_range
     601name:Zone 1 range
     602type:f 0 200
     603group:Foraminifera
     604
     605prop:
     606id:zone2_range
     607name:Zone 2 range
     608type:f 0 3000
     609group:Foraminifera
     610
     611prop:
     612id:colors
     613name:Haploid and diploid colors
     614type:x
     615group:Foraminifera
     616
     617prop:
     618id:min_repro_energ_haplo
     619name:Min reproduction energy of forams
     620type:f
     621group:Foraminifera
     622
     623prop:
     624id:min_repro_energ_diplo
     625name:Min reproduction energy of forams
     626type:f
     627group:Foraminifera
     628
     629prop:
     630id:repro_prob
     631name:Probability of reproduction
     632type:f 0 1 0.8
     633group:Foraminifera
     634
     635prop:
     636id:energies0_haplo
     637name:Energy of offspring from diploid forams
     638type:f
     639group:Foraminifera
     640
     641prop:
     642id:energies0_diplo
     643name:Energy of offspring from diploid forams
     644type:f
     645group:Foraminifera
     646
     647prop:
     648id:energy_hib
     649name:Energy used for hibernation during one step
     650type:f 0 1 0.001
     651group:Foraminifera
     652
     653prop:
     654id:energy_move
     655name:Energy used for movement during one step
     656type:f 0 20 0.001
     657group:Foraminifera
     658
     659prop:
     660id:min_vol
     661name:Minimal volume for reproduction
     662type:f 100 900 100
     663group:Foraminifera
     664
     665prop:
     666id:max_size
     667name:Maximal size
     668type:d 1 10 5
     669group:Foraminifera
     670
     671prop:
     672id:foramPop
     673name:Initial forams population size
     674type:d 1 1000 100
     675group:Foraminifera
     676
     677prop:
     678id:crossprob
     679name:Crossover probability
     680type:f 0 1 0
     681group:Foraminifera
     682
     683prop:
     684id:mutationprob
     685name:Mutation probability
     686type:f 0 1 0
     687group:Foraminifera
     688
     689prop:
     690id:e_death_level
     691name:Level of energy ... death
     692type:f 0
     693group:Foraminifera
     694
     695
     696prop:
     697id:e_meta
     698name:Idle metabolism
     699type:f 0 1
     700group:Energy
     701help:Each stick consumes this amount of energy in one time step
     702
     703prop:
     704id:feedrate
     705name:Feeding rate
     706type:f 0 100
     707group:Energy
     708help:How fast energy is created in the world
     709
     710prop:
     711id:energy_nut
     712name:Nutrients's energy
     713type:f 0 1000
     714group:Energy
     715
     716prop:
     717id:feedtrans
     718name:Ingestion multiplier
     719type:f 0 100
     720group:Energy
     721
     722prop:
     723id:nutrientsize
     724name:Nutrients's size
     725type:f 0.1
     726group:Energy
     727
     728prop:
     729id:e_meta
     730name:Idle metabolism
     731type:f 0 1
     732group:Energy
     733help:Each stick consumes this amount of energy in one time step
     734
     735prop:
     736id:feedrate
     737name:Feeding rate
     738type:f 0 100
     739group:Energy
     740help:How fast energy is created in the world
     741
     742prop:
     743id:feedtrans
     744name:Ingestion multiplier
     745group:Energy
     746type:f 0 100
     747
     748prop:
     749id:nutrientsize
     750name:Nutrients's size
     751group:Energy
     752type:f 0.1
     753
     754prop:
     755id:nutrientPop
     756name:Nutrients population size
     757group:Energy
     758type:d 1 1000 10
     759
     760
     761prop:
     762id:world_size
    427763name:World size
    428764type:d 10 1000 20
    429 
    430 prop:
    431 id:growth_step
    432 name:Growth step
    433 type:d -1 10000 1000
    434 group:Foraminifera
    435 help:You can turn off growth by setting this param to -1
    436 
    437 prop:
    438 id:rads
    439 name:Haploid and diploid radius
    440 type:x
    441 group:Foraminifera
    442 
    443 prop:
    444 id:minage
    445 name:Min reproduction age of forams
    446 type:x
    447 group:Foraminifera
    448 
    449 prop:
    450 id:minenerg
    451 name:Min reproduction energy of forams
    452 type:x
    453 group:Foraminifera
    454 
    455 prop:
    456 id:nutrient_range
    457 name:Range of nutrient smell
    458 type:d 0 10000 10000
     765group:World
     766
     767prop:
     768id:stress
     769name:Environmental stress
     770type:d 0 1 1
     771group:World
     772
     773prop:
     774id:repro_trigger
     775name:Reproduction trigger
     776type:d 0 1 1
     777group:World
     778
    459779
    460780prop:
    … …  
    462782name:Time before reproduction
    463783type:d 0 1000
    464 
    465 prop:
    466 id:popsize
    467 name:Initial forams population size
    468 type:d 1 1000 100
    469 group:Foraminifera
    470 
    471 prop:
    472 id:energy0h
    473 name:Number of offspring from haploid forams
    474 type:d
    475 group:Foraminifera
    476 
    477 prop:
    478 id:energy0d
    479 name:Number of offspring from diploid forams
    480 type:d
    481 group:Foraminifera
    482 
    483 prop:
    484 id:repro_prob
    485 name:Probability of reproduction
    486 type:f 0 1 0.9
    487 group:Foraminifera
    488 
    489 prop:
    490 id:crossprob
    491 name:Crossover probability
    492 type:f 0 1 0
    493 group:Foraminifera
    494 
    495 prop:
    496 id:mutationprob
    497 name:Mutation probability
    498 type:f 0 1 0
    499 group:Foraminifera
    500 
    501 prop:
    502 id:genh
    503 name:Initial genotype of haploid forams
    504 type:s 1
    505 group:Foraminifera
    506 
    507 prop:
    508 id:gend
    509 name:Initial genotype of diploid forams
    510 type:s 1
    511 group:Foraminifera
    512784
    513785prop:
    … …  
    522794-1   = just above the bottom~
    523795
    524 prop:
    525 id:e_meta
    526 name:Idle metabolism
    527 type:f 0 1
    528 group:Energy
    529 help:Each stick consumes this amount of energy in one time step
    530 
    531 prop:
    532 id:feedrate
    533 name:Feeding rate
    534 type:f 0 100
    535 group:Energy
    536 help:How fast energy is created in the world
    537 
    538 prop:
    539 id:feede0
    540 name:Nutrients's energy
    541 group:Energy
    542 type:f 0 1000
    543 
    544 prop:
    545 id:feedtrans
    546 name:Ingestion multiplier
    547 group:Energy
    548 type:f 0 100
    549 
    550 prop:
    551 id:nutrientgen
    552 name:Nutrients's genotype
    553 group:Energy
    554 type:s 1
    555 
    556 prop:
    557 id:nutrientsize
    558 name:Nutrients's size
    559 group:Energy
    560 type:f 0.1
    561 
    562 prop:
    563 id:nutrientPop
    564 name:Nutrients population size
    565 group:Energy
    566 type:d 1 1000 10
    567 
    568796state:
    569797id:nutrient

  • experiments/frams/foraminifera/data/scripts/foraminifera.inc

    r421 r422  
    22//real proportions
    33
    4 // -------------------------------- step begin --------------------------------
    5 
    6 function reproduce_haploid(parent, parent2)
    7 {
    8         var number = parent.user2["Va"] / ExpParams.energy0d + parent2.user2["Va"] / ExpParams.energy0d;
     4function init_chambers()
     5{
     6        colors = ["1.0,1.0,0.0","1.0,0.5,0.0"];
     7        chambers = [ ["//0\np:sh=1,",
     8        "p:0.98089325428009, 0.00591040402650833, 0.00389722990803421,",
     9        "p:1.90962779521942, -0.256769120693207, -0.16194811463356,",
     10        "p:2.63965249061584, -0.727959632873535, -0.609036147594452,",
     11        "p:3.17575979232788, -1.34843015670776, -1.14828503131866,",
     12        "p:3.55273032188416, -2.22369408607483, -1.3917418718338,",
     13        "p:3.64916682243347, -3.11888360977173, -1.01666414737701,",
     14        "p:3.50461649894714, -3.84039807319641, -0.377427101135254,",
     15        "p:3.15921688079834, -4.50001525878906, 0.261153399944305,",
     16        "p:2.51528453826904, -5.16421365737915, 0.59241509437561,"],
     17        ["//0\np:sh=1,",
     18        "p:1.08020961284637, -0.0597195439040661, -0.0393781512975693,",
     19        "p:1.08020961284637, -0.0597195439040661, -0.0393781512975693,",
     20        "p:0.615013539791107, 0.778662621974945, 0.535521030426025,",
     21        "p:0.488581955432892, 0.826426684856415, -0.381044268608093,",
     22        "p:0.732419908046722, -0.0084995785728097, -1.02214300632477,",
     23        "p:1.35288727283478, 0.875738024711609, -1.03719782829285,",
     24        "p:0.342692613601685, 0.938660383224487, -1.45657968521118,",
     25        "p:1.0958571434021, 0.316927701234818, -1.813929438591,",
     26        "p:0.903768002986908, 1.11856341362, -2.53161096572876,",
     27        "p:0.21014116704464, 0.295340299606323, -2.45328187942505,"] ];
     28}
     29
     30function createForamGenotype(gen, species, chamber_num)
     31{
     32        var rad = getProperty(gen, "chamber_proculus");
     33        var geno = chambers[species][0] + "sx=" + rad + ",sy=" + rad + ",sz=" + rad + ", rz=3.14159265358979,vr=" + colors[gen];
     34
     35        chamber_num = Math.min(chamber_num, chambers[species].size - 1);
     36
     37        for (var i = 0; i < chamber_num; i++)
     38        {
     39                rad = getProperty(gen, "chamber_proculus") + getProperty(gen, "chamber_difference") * (i + 1);
     40                geno += "\n" +  chambers[species][i+1] + "sh=1,sx=" + rad + ",sy=" + rad + ",sz=" + rad + ",vr=" + colors[gen];
     41        }
     42
     43        for (var i = 0; i < chamber_num; i++)
     44        {
     45                geno += "\n" +  "j:"+ i +", "+ (i+1) +", sh=1";
     46        }
     47        if (species == 1) geno += "\nn:p=0,d=\"S\"";
     48
     49        return geno;
     50}
     51
     52function setGenotype(mode)
     53{
     54        if (mode["opt"] == 0) //initial
     55        {
     56                mode["cr"].user1 = {"min_repro_energies" : [getProperty(0, "min_repro_energ"), getProperty(1, "min_repro_energ")], "hibernation" : 1 - mode["species"]};
     57                mode["cr"].user2 = {"max_energy_level" : getProperty(0,"energies0"), "gen" : 0,  "hibernated" : 0, "species" : mode["species"], "reproduce" : 0};
     58        }
     59        else if (mode["opt"]  == 1) //child
     60        {
     61                mode["cr"].user2 = {"max_energy_level" : getProperty(1 - mode["parent_user2"]["gen"],"energies0"), "gen" : 1 - mode["parent_user2"]["gen"],  "hibernated" : 0, "species" : mode["parent_user2"]["species"], "reproduce" : 0};
     62                mode["cr"].user1 = mode["parent_user1"];
     63        }
     64        else //grow
     65        {
     66                mode["cr"].user1 = mode["parent_user1"];
     67                mode["cr"].user2 = mode["parent_user2"];
     68        }
     69}
     70
     71function reproduce_haploid(parent, parent2, clone)
     72{       
     73        var number, energy0, new_user1, gen;
     74        if (clone == 1)
     75        {
     76                energy0 = getProperty(0,"energies0");
     77                number = getProperty(1, "e_repro_cost") * parent.energy / energy0;
     78                new_user1 = parent.user1;
     79                parent.user2["gen"] = 1 - parent.user2["gen"]; //because of reversal of "gen" in createOffspring function
     80                gen = parent.user2["gen"];
     81        }
     82        else
     83        {
     84                energy0 = getProperty(1,"energies0");
     85                number = getProperty(parent.user2["gen"], "e_repro_cost") * parent.energy / energy0 + getProperty(parent.user2["gen"], "e_repro_cost") * parent2.energy / energy0;
     86                new_user1 = [parent.user1, parent2.user1];
     87                gen = 1 - parent.user2["gen"];
     88        }
     89
     90        Simulator.print("number of offspring: " + number);
    991
    1092        for (var j = 0; j < number; j++)
    1193        {
    12                 createOffspring(ExpParams.gend, ExpParams.energy0d, [parent.user1, parent2.user1], {"Va" : ExpParams.energy0d, "gen" : 1 , "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize": ExpParams.rads[1], "vinit": ExpParams.energy0d}); //TODO genes from both generations in user1
     94                createOffspring(createForamGenotype(gen, parent.user2["species"], 0), energy0, new_user1, parent.user2);
    1395        }
    1496}
    … …  
    1698function reproduce_diploid(parent)
    1799{
    18         var number = parent.user2["Va"] / ExpParams.energy0h;
     100        var energy0 = getProperty(0,"energies0");
     101        var number = getProperty(parent.user2["gen"], "e_repro_cost") * parent.energy / energy0;
     102
     103        Simulator.print("number of offspring: " + number);
     104
    19105        for (var j = 0; j < number / 2; j++)
    20106        {
    … …  
    23109                if (Math.rnd01 < ExpParams.crossprob)
    24110                {
    25                         crossover(parent, "minenergy");
     111                        crossover(parent, "min_repro_energies");
    26112                        crossed = 1;
    27113                }
    … …  
    29115                for (var k = 0; k < 2; k++)
    30116                {
    31                         createOffspring(ExpParams.genh, ExpParams.energy0h, {"minenergy" : ExpParams.minenerg[0], "minage": ExpParams.minage[0]}, {"Va" : ExpParams.energy0h, "gen" : 0 , "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize" : ExpParams.rads[0], "vinit": ExpParams.energy0h}); //TODO different vamin and amin for haploids and diploids?
     117                        createOffspring(createForamGenotype(1 - parent.user2["gen"], parent.user2["species"], 0), energy0, parent.user1[0], parent.user2);
    32118                }
    33119
    … …  
    35121                if (crossed == 1)
    36122                {
    37                         crossover(parent, "minenergy");
     123                        crossover(parent, "min_repro_energies");
    38124                        crossed = 0;
    39125                }
    … …  
    42128}
    43129
    44 function crossover(parent, gene)
    45 {
    46         var tmp = parent.user1[0][gene];
    47         parent.user1[0][gene] = parent.user1[1][gene];
    48         parent.user1[1][gene] = tmp;
    49 }
    50 
    51 
    52 function createOffspring(geno, energy, new_user1, new_user2)
    53 {
    54         var cr = Populations[0].add(geno);
    55         cr.energy0 = energy;
    56         cr.energy = cr.energy0;
    57         setGenotype(cr, new_user1, new_user2);
    58         placeRandomlyNotColliding(cr);
    59 }
    60 
    61 function onStep()
    62 {
    63 
    64         if (ExpParams.logging == 1)
    65         {
    66                 createStatistics();
    67         }
    68 
    69         //nutrient growth ---------------------------------------------
    70         nutrientenergywaiting = nutrientenergywaiting + ExpParams.feedrate;
    71         if (nutrientenergywaiting > ExpParams.feede0)
    72         {
    73                 for (var i = 0; i < ExpParams.nutrientPop; i++)
    74                 {
    75                         addNutrient();
    76                 }
    77 
    78                 nutrientenergywaiting = 0.0;
    79                 Simulator.checkpoint();
    80         }
    81 
    82         //reproduction --------------------------------------------
    83         reprocounter += 1;
    84         if (reprocounter > ExpParams.repro_time)
    85         {
    86                 reprocounter = 0;
     130function reproduce_parents(species)
     131{
    87132                var parent1 = null;
    88133                var parent2 = null;
    … …  
    90135                for (var i = pop.size-1; i >= 0; i--)
    91136                {
    92                         if (pop[i].signals.size > 0)
     137                        if (pop[i].user2["reproduce"] == 1 && pop[i].user2["species"] == species)
    93138                        {
    94                                 if (pop[i].user2["gen"]==1)
    95                                 {
    96                                         reproduce_diploid(pop[i]);
    97                                         pop.kill(i);
     139                                if ((pop[i].user2["gen"]==1) || ((pop[i].user2["gen"]==0) && ExpParams.stress == 0))
     140                                {
     141                                        continue;
    98142                                }
    99143                                else if (parent1 == null)
    … …  
    107151                                else
    108152                                {
    109                                         reproduce_haploid(parent1, parent2);
     153                                        reproduce_haploid(parent1, parent2, 0);
     154                                        print_repro_info(parent1);
     155                                        print_repro_info(parent2);
    110156                                        pop.kill(parent1);
    111157                                        pop.kill(parent2);
    … …  
    116162                        }
    117163                }
    118         }
    119 
    120         //check for death -----------------------------------------------
    121         if (Populations[0].size == 0)
    122         {
    123                 if (ExpParams.autorestart)
    124                 {
    125                         Simulator.print("no more creatures, restarting...");
    126                         onExpInit();
    127                 }
    128                 else
    129                 {
    130                         Simulator.print("no more creatures, stopped.");
    131                         Simulator.stop();
    132                 }
    133         }
    134 }
    135 
    136 function createStatistics()
    137 {
    138         var haploids = 0;
    139         var diploids = 0;
    140         var e_inc_h = 0.0;
    141         var e_inc_d = 0.0;
    142         var e_nut = 0.0;
    143         var size_h = 0.0;
    144         var size_d = 0.0;
    145         var vmin_h = 0.0;
    146         var vmin_d = 0.0;
    147 
    148         for (var i = 0; i < Populations[0].size; i++)
    149         {
    150                 var cr = Populations[0].get(i);
    151                 if (cr.user2["gen"] == 0)
    152                 {
    153                         haploids += 1;
    154                         e_inc_h += cr.energy;
    155                         size_h += ExpParams.rads[0]; //TODO change of size dependent on gene
    156                         vmin_h += cr.user1["minenergy"];
    157                 }
    158                 else if (cr.user2["gen"] == 1)
    159                 {
    160                         diploids += 1;
    161                         e_inc_d += cr.energy;
    162                         size_d += ExpParams.rads[1]; //TODO change of size dependent on gene
    163                         vmin_d += cr.user1[0]["minenergy"];
    164                 }
    165         }
    166 
    167         for (var i = 0; i < Populations[1].size; i++)
    168         {
    169                 var cr = Populations[1].get(i);
    170                 e_nut += cr.energy;
    171         }
    172 
    173         var l1 = [haploids, diploids, Populations[1].size];
    174         var l2 = [e_inc_h, e_inc_d, e_nut];
    175         var dp = diploids;
    176         var hp = haploids;
    177         if (dp == 0) dp = 0.000001;
    178         if (hp == 0) hp = 0.000001;
    179         var l3 = [size_h / hp, vmin_h / hp, size_d / dp, vmin_d / dp];
    180 
    181         log(l1, "log_sizes.txt");
    182         log(l2, "log_energy.txt");
    183         log(l3, "log_sizes_v.txt");
    184 }
    185 // -------------------------------- step end --------------------------------
     164}
     165
     166function readyToRepro(cr)
     167{
     168        var reproduced = 1;
     169       
     170       
     171        if (cr.user2["gen"] == 1)
     172        {
     173                reproduce_diploid(cr);
     174        }
     175
     176        else if (ExpParams.stress == 0)
     177        {
     178                reproduce_haploid(cr, null, 1);
     179        }
     180
     181        else
     182        {
     183                if (cr.signals.size == 0)
     184                {
     185                        cr.signals.add("repro"+cr.user2["species"]);
     186                        cr.signals[0].power = 1;
     187                }
     188                reproduced = 0;
     189                cr.user2["reproduce"] = 1;
     190        }
     191
     192        if (reproduced == 1)
     193        {
     194                print_repro_info(cr);
     195                Populations[0].kill(cr);
     196        }
     197
     198        return reproduced;
     199}
     200
     201function print_repro_info(cr)
     202{
     203        Simulator.print("Reproduced " + cr.user2["gen"] + " of species " + cr.user2["species"] + " energy: " + cr.energy);
     204}
     205
     206function foramReproduce(cr)
     207{
     208        var properEnergy = 0;
     209        var reproduced = 0;
     210
     211        if (cr.user2["gen"] == 0)
     212        {
     213                properEnergy = ( cr.energy >= cr.user1["min_repro_energies"][cr.user2["gen"]] );
     214        }
     215        else
     216        {
     217                properEnergy = ( cr.energy >= cr.user1[0]["min_repro_energies"][cr.user2["gen"]] ); //TODO gene selection
     218        }
     219
     220        //if creature has proper energy
     221        if ( properEnergy && cr.signals.size == 0)
     222        {
     223                //reproduce with probability repro_prob
     224                if (Math.rnd01 <= ExpParams.repro_prob) //TODO env trigger
     225                {
     226                        reproduced = readyToRepro(cr);
     227                }
     228                else if (cr.signals.receive("repro"+cr.user2["species"]) > 0)
     229                {
     230                        reproduced = readyToRepro(cr);
     231                }
     232                if (reproduced == 1)
     233                                return;
     234        }
     235
     236        else if (!properEnergy)
     237        {
     238                cr.signals.clear();
     239                cr.user2["reproduce"] = 0;
     240        }
     241}
     242
     243function crossover(parent, gene)
     244{
     245        var tmp = parent.user1[0][gene];
     246        parent.user1[0][gene] = parent.user1[1][gene];
     247        parent.user1[1][gene] = tmp;
     248}
     249
     250function createOffspring(geno, energy, parent_user1, parent_user2)
     251{
     252        var cr = Populations[0].add(geno);
     253        cr.energy0 = energy;
     254        cr.energy = cr.energy0;
     255        setGenotype({"cr" : cr, "parent_user1" : parent_user1, "parent_user2" : parent_user2, "opt" : 1});
     256        placeRandomlyNotColliding(cr);
     257}

  • experiments/frams/foraminifera/data/scripts/foraminifera.show

    r407 r422  
    22name:Reproduction of benthic foraminifera
    33info:~
    4 Foraminifers are shown as green balls. Nutrients are tiny white boxes.
    5 Foraminifers move towards nearest nutrients and try to accumulate a sufficient amount of energy to reproduce.
    6 Haploid and diploid generations alternate. Diploid foraminifers have orange marks.
     4There are two species of Foraminiera: longitudal and coiled. First chamber of the longitudal species has
     5orange marks. Haploid and diploid generations alternate in both species. All chambers of the haploid generation
     6have the same size. In the diploid generation subsequent chambers are bigger than their predecessors.
     7Nutrients are green disks. Foraminifers move towards nearest nutrients and try to accumulate a sufficient
     8amount of energy to reproduce.
     9
    710More information at www.framsticks.com/foraminifera
    811~
    … …  
    1619        GLDisplay.minfps = 10;
    1720}
    18 
    19 function ShowParams_minimalVolume_set()
     21function ShowParams_nutrientPop_set()
    2022{
    21         switch (ShowParams.minimalVolume)
     23        switch (ShowParams.nutrientPop)
    2224        {
    2325        case 0:
    24                 ExpParams.v_min_h = 300;
    25                 ExpParams.v_min_d = 300;
     26                ExpParams.nutrientPop = 5;
    2627                break;
    2728        case 1:
    28                 ExpParams.v_min_h = 150;
    29                 ExpParams.v_min_d = 500;
    30                 break;
    31         }
    32 }
    33 
    34 function ShowParams_offspingNumber_set()
    35 {
    36         switch (ShowParams.offspingNumber)
    37         {
    38         case 0:
    39                 ExpParams.ofnumh = 300;
    40                 ExpParams.ofnumd = 300;
    41                 break;
    42         case 1:
    43                 ExpParams.ofnumh = 150;
    44                 ExpParams.ofnumd = 500;
    45                 break;
    46         }
    47 }
    48 
    49 function ShowParams_populationSize_set()
    50 {
    51         switch (ShowParams.populationSize)
    52         {
    53         case 0:
    54                 ExpParams.psize = 5;
    55                 break;
    56         case 1:
    57                 ExpParams.psize = 10;
     29                ExpParams.nutrientPop = 10;
    5830                break;
    5931        case 2:
    60                 ExpParams.psize = 15;
    61                 break;
    62         case 3:
    63                 ExpParams.psize = 20;
     32                ExpParams.nutrientPop = 15;
    6433                break;
    6534        }
    … …  
    7140        {
    7241        case 0:
    73                 ExpParams.feedrate = 0.5;
     42                ExpParams.feedrate = 0.001;
    7443                break;
    7544        case 1:
    76                 ExpParams.feedrate = 0.7;
     45                ExpParams.feedrate = 0.0025;
    7746                break;
    7847        case 2:
    79                 ExpParams.feedrate = 0.9;
     48                ExpParams.feedrate = 0.004;
     49                break;
     50        }
     51}
     52
     53function ShowParams_feedTrans_set()
     54{
     55        switch (ShowParams.feedTrans)
     56        {
     57        case 0:
     58                ExpParams.feedtrans = 0.01;
     59                break;
     60        case 1:
     61                ExpParams.feedtrans = 0.05;
     62                break;
     63        case 2:
     64                ExpParams.feedtrans = 0.1;
     65                break;
     66        }
     67}
     68
     69function ShowParams_nutrientEnerg_set()
     70{
     71        switch (ShowParams.nutrientEnerg)
     72        {
     73        case 0:
     74                ExpParams.energy_nut = 0.5;
     75                break;
     76        case 1:
     77                ExpParams.energy_nut = 1.5;
     78                break;
     79        case 2:
     80                ExpParams.energy_nut = 3.0;
     81                break;
     82        }
     83}
     84
     85function ShowParams_stress_set()
     86{
     87        switch (ShowParams.stress)
     88        {
     89        case 0:
     90                ExpParams.stress = 0;
     91                break;
     92        case 1:
     93                ExpParams.stress = 1;
    8094                break;
    8195        }
    … …  
    8498~
    8599
    86 
    87100prop:
    88 id:minimalVolume
    89 name:Min reproduction energy haploid/diploid
    90 type:f 0 1 ~300 / 300~150 / 500
    91 
    92 prop:
    93 id:populationSize
    94 name:Initial population size
    95 type:d 0 3 ~5~10~15~20
    96 
    97 prop:
    98 id:offspingNumber
    99 name:Number of offspring haploi/diploid
    100 type:d 0 2 ~20 / 4~10 / 5
     101id:nutrientPop
     102name:Nutrients amount
     103type:d 0 2 1 ~5~10~15
    101104
    102105prop:
    103106id:feedRate
    104107name:Feeding rate
    105 type:d 0 2 ~50~70~90
     108type:d 0 2 1 ~1~2~3
     109
     110prop:
     111id:feedTrans
     112name:Energy transfer
     113type:d 0 2 1 ~0.01~0.05~0.1
     114
     115prop:
     116id:nutrientEnerg
     117name:Nutrient energy
     118type:d 0 2 1 ~0.5~1.5~3
     119
     120prop:
     121id:stress
     122name:Stress
     123type:d 0 1 1
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.