Ignore:
Timestamp:
06/30/15 23:02:42 (9 years ago)
Author:
oriona
Message:

removed unused part of code, refactorization

Location:
experiments/frams/foraminifera/data/scripts
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • experiments/frams/foraminifera/data/scripts/forams_benthic.expdef

    r402 r404  
    3434global foodenergywaiting;
    3535global reprocounter;
    36 global delta_change;
    3736
    3837@include "forams_repro.inc"
    … …  
    5352        pop.name = "Creatures";
    5453        pop.en_assim = 0;
    55         pop.nnsim = 1;
     54        pop.nnsim = 0;
    5655        pop.enableperf = 1;
    5756        pop.death = 1;
    … …  
    7069        pop.othermask = 0x10000;
    7170
    72 
    73         var size_h = ExpParams.haplo_rad * ExpParams.delta_rate + ExpParams.haplo_rad;
    74         var size_d = ExpParams.diplo_rad * ExpParams.delta_rate + ExpParams.diplo_rad;
    75         ExpParams.gend = "//0\np:sh=1,sx=" + ExpParams.diplo_rad + ",sy=" + ExpParams.diplo_rad + ",sz=" + ExpParams.diplo_rad + ", rz=3.14159265358979";
    76         ExpParams.genh = "//0\np:sh=1,sx=" + size_h + ",sy=" + size_h + ",sz=" + size_h + ", rz=3.14159265358979";
     71        //radius of the chamber
     72        ExpParams.rads = [1.2, 0.6];
     73        //inital genotypes
     74        ExpParams.genh = "//0\np:sh=1,sx=" + ExpParams.rads[0] + ",sy=" + ExpParams.rads[0] + ",sz=" + ExpParams.rads[0] + ", rz=3.14159265358979";
     75        ExpParams.gend = "//0\np:sh=1,sx=" + ExpParams.rads[1] + ",sy=" + ExpParams.rads[1] + ",sz=" + ExpParams.rads[1] + ", rz=3.14159265358979";
     76        ExpParams.gend += "\nn:p=0,d=\"S\"";
    7777        ExpParams.e_meta = 0.1;
    7878        ExpParams.feedrate = 0.5;
    … …  
    9191        ExpParams.v_min_d = 300;
    9292        ExpParams.v_min_h = 300;
    93         //radius of the chamber
    94         ExpParams.haplo_rad = 1.2;
    95         ExpParams.diplo_rad = 0.6;
    9693        //minimal age for reproduction
    9794        ExpParams.age_min_d = 100;
    … …  
    104101        ExpParams.repro_thr = 1;
    105102
    106         //size change rate
    107         ExpParams.delta_rate = 0.1;
    108103        //grwoth speed in time steps
    109104        ExpParams.growth_step = 50;
    … …  
    118113        World.wrldsiz = ExpParams.wsize;
    119114        World.wrldbnd = 1;
    120 
    121         delta_change = 0.5;
    122115}
    123116
    … …  
    136129                cr.energ0 = ExpParams.v_min_h - ExpParams.repro_thr;
    137130                cr.energy = cr.energ0;
    138                 cr.user1 = {"vamin" : ExpParams.v_min_h, "amin": ExpParams.age_min_h, "delta_h" : ExpParams.haplo_rad * ExpParams.delta_rate, "delta_d" : ExpParams.diplo_rad * ExpParams.delta_rate};
    139                 cr.user2 = {"Va" : ExpParams.v_min_h - ExpParams.repro_thr, "gen" : 0, "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize" : ExpParams.haplo_rad, "vinit" : ExpParams.v_min_h - ExpParams.repro_thr};
     131                cr.user1 = {"vamin" : ExpParams.v_min_h, "amin": ExpParams.age_min_h};
     132                cr.user2 = {"Va" : ExpParams.v_min_h - ExpParams.repro_thr, "gen" : 0, "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize" : ExpParams.rads[0], "vinit" : ExpParams.v_min_h - ExpParams.repro_thr};
    140133        }
    141134        ExpState.totaltestedcr = 0;
    … …  
    230223        cr.signals.add("repro");
    231224        cr.signals[0].power = 1;
    232 
    233225}
    234226
    235227function onCreaturesStep(cr)
    236228{
    237         cr.moveAbs(cr.pos_x, cr.pos_y, 0); //adjustment in z axis
     229        //TODO moving inside sediment?
     230        cr.moveAbs(cr.pos_x, cr.pos_y, 0); //adjustment in z axis
    238231        var p = cr.getMechPart(0);
    239232        var n = cr.signals.receiveSet("food", ExpParams.food_range);
    … …  
    276269        if (cr.energy > 100)
    277270        {
     271                //TODO energy costs dependant on size
    278272                // cr.energy_m = cr.user2["Va"]/cr.user2["vinit"];
    279273        }
    … …  
    281275        if (cr.lifespan >= ExpParams.max_age)
    282276        {
     277                //TODO what is max age value? should there be one?
    283278                Populations[0].kill(cr);
     279                return;
    284280        }
    285281
    286282        //foram growth
    287         else if (cr.lifespan == cr.user2["growth_step"])
    288         {
    289                 var pos = [cr.center_x, cr.center_y, cr.center_z];
    290                 var energy = cr.energy;
    291                 var cr2 = null;
    292                 if (cr.user2["gen"] == 0)
    293                 {
    294                         var new_r = ExpParams.haplo_rad * Math.min(Math.max(cr.user2["Va"] / cr.user2["vinit"] * 0.5, 1), 2.5);
    295                         cr.user2["rsize"] = new_r;
    296                         cr2 = Populations[0].add("//0\np:sh=1,sx=" + cr.user2["rsize"] + ",sy=" + cr.user2["rsize"] + ",sz=" + cr.user2["rsize"] + ", rz=3.14159265358979");
    297                         cr2.user1 = {"vamin" : cr.user1["vamin"], "amin": cr.user1["amin"], "delta_h" : cr.user1["delta_h"], "delta_d" : cr.user1["delta_d"]};
    298                 }
    299                 else if (cr.user2["gen"] == 1)
    300                 {
    301                         var new_r = ExpParams.diplo_rad * Math.min(Math.max(cr.user2["Va"] / cr.user2["vinit"] * 0.5, 1), 2.5);
    302                         cr.user2["rsize"] = new_r;
    303 
    304                         var geno = "//0\np:sh=1,sx=" + cr.user2["rsize"] + ",sy=" + cr.user2["rsize"] + ",sz=" + cr.user2["rsize"] + ", rz=3.14159265358979";
    305                         geno += "\nn:p=0,d=\"S\""; //TODO is this the only difference with haploid code? TODO why initial genotypes are not used as defined in ExpParams?
     283        if (cr.lifespan == cr.user2["growth_step"])
     284        {
     285                //TODO how size is related to the energy?
     286                cr.user2["rsize"] = ExpParams.rads[cr.user2["gen"]] * Math.min(Math.max(float(cr.user2["Va"] / cr.user2["vinit"]) * 0.5, 1.0), 2.5);
     287                var geno = "//0\np:sh=1,sx=" + cr.user2["rsize"] + ",sy=" + cr.user2["rsize"] + ",sz=" + cr.user2["rsize"] + ", rz=3.14159265358979";
     288                if (cr.user2["gen"] == 1)
     289                {
     290                        geno += "\nn:p=0,d=\"S\""; //TODO why initial genotypes are not used as defined in ExpParams?
    306291                        //TODO maybe it would be nice if they rotated so the "S" would show where they are going (direction/intention)
    307                         cr2 = Populations[0].add(geno);
    308 
    309 
    310                         cr2.user1 = [ {"vamin" : cr.user1[0]["vamin"], "amin": cr.user1[0]["amin"], "delta_h" : cr.user1[0].get("delta_h"), "delta_d" : cr.user1[0]["delta_d"]  }, {"vamin" : cr.user1[1]["vamin"], "amin": cr.user1[1]["amin"], "delta_h" : cr.user1[1]["delta_h"], "delta_d" : cr.user1[1]["delta_d"]  }];
    311                 }
    312                 cr2.energy = energy;
    313                 cr2.user2 = {"Va" : cr.user2["Va"], "gen" : cr.user2["gen"], "growth_step" : cr.user2["growth_step"], "rsize" : cr.user2["rsize"], "vinit": cr.user2["vinit"]};
     292                }
     293                var cr2 = Populations[0].add(geno);
     294                cr2.energy = cr.energy;
     295                setGenotype(cr2, cr.user1, cr.user2);
    314296                cr2.moveAbs(cr.center_x - cr2.size_x / 2, cr.center_y - cr2.size_y / 2, cr.pos_z);
    315297
    … …  
    355337}
    356338
     339function setGenotype(cr, new_user1, new_user2)
     340{
     341        cr.user2 = {"Va" : new_user2["Va"], "gen" : new_user2["gen"], "growth_step" : new_user2["growth_step"], "rsize" : new_user2["rsize"], "vinit": new_user2["vinit"]};
     342        if (cr.user2["gen"] == 0)
     343        {
     344                cr.user1 = {"vamin" : new_user1["vamin"], "amin": new_user1["amin"] };
     345        }
     346        else if (cr.user2["gen"] == 1)
     347        {
     348                cr.user1 = [ {"vamin" : new_user1[0]["vamin"], "amin": new_user1[0]["amin"] }, {"vamin" : new_user1[1]["vamin"], "amin": new_user1[1]["amin"] }];
     349        }       
     350
     351}
     352
    357353// -------------------------------- creature end --------------------------------
    358354
    … …  
    376372        cr.signals[0].value = cr.getMechPart(0);
    377373
    378         var retry = 100; //try 100 times
    379         while (retry--)
    380         {
    381                 placeCreatureRandomly(cr, 0, 0);
    382                 if (!cr.boundingBoxCollisions(0))
    383                         return cr;
    384         }
    385 
    386         return cr;
     374        placeRandomlyNotColliding(cr);
    387375}
    388376
    … …  
    395383                Collision.Creature1.energy_m = Collision.Creature1.energy_m + e;
    396384                Collision.Creature2.energy_p = Collision.Creature2.energy_p + e;
    397                 var ener = float(Collision.Creature2.user2["Va"]);
    398                 var sum = float(float(ener) + float(e));
    399                 Collision.Creature2.user2["Va"] = float(sum);
     385                Collision.Creature2.user2["Va"] = float(Collision.Creature2.user2["Va"]) + float(e);
    400386        }
    401387}
    … …  
    434420
    435421prop:
    436 id:haplo_rad
    437 name:Haploid radius
    438 type:f 0.1 3 1.2
    439 
    440 prop:
    441422id:growth_step
    442423name:Growth step
    443 type:d 50 10000 1000
    444 
    445 prop:
    446 id:delta_rate
    447 name:Delta rate
    448 type:f 0.0001 0.1 0.001
    449 
    450 prop:
    451 id:diplo_rad
    452 name:Diploid radius
    453 type:f 0.1 3 0.6
    454 
    455 prop:
    456 id:foodPop
    457 name:Food size
    458 type:d 1 1000 10
    459 
    460 prop:
    461 id:age_min
    462 name:Minimal age for reproduction
    463 type:d 100 10000 200
     424type:d 10 10000 1000
     425
     426prop:
     427id:rads
     428name: haploid and diploid radius
     429type:x
    464430
    465431prop:
    … …  
    489455prop:
    490456id:repro_thr
    491 name:Threshold for reproduction
     457name:amount of energy initial creatures need to gather to reproduce
    492458type:d 1 1000 1
    493459
    … …  
    615581flags:16
    616582
     583prop:
     584id:foodPop
     585name:food size
     586type:d 1 1000 10
     587
    617588state:
    618589id:food

  • experiments/frams/foraminifera/data/scripts/forams_repro.inc

    r403 r404  
    44// -------------------------------- step begin --------------------------------
    55
    6 function reproduce_haploid(repro_list, number)
     6function reproduce_haploid(repro_list)
    77{
    88        var len = repro_list.size;
    … …  
    1414                var parent2 = Populations[0].get(repro_list[i + 1]);
    1515
    16                 number = parent.user2["Va"] / ExpParams.ofnumd + parent2.user2["Va"] / ExpParams.ofnumd;
     16                var number = parent.user2["Va"] / ExpParams.ofnumd + parent2.user2["Va"] / ExpParams.ofnumd;
     17
    1718                for (var j = 0; j < number; j++)
    1819                {
    19                         //size
    20                         var rsize = (parent.user1["delta_d"] + ExpParams.diplo_rad);
    21                         if (Math.rnd01 < 0.5)
    22                         {
    23                                 rsize = parent2.user1["delta_d"] + ExpParams.diplo_rad;
    24                         }
    25 
    26                         var deltas = parent.user1["delta_d"];
    27                         //mutation
    28                         if (Math.rnd01 < ExpParams.mutationprob)
    29                         {
    30                                 var diff = delta_change * deltas;
    31                                 if (Math.rnd01 < 0.5)
    32                                 {
    33                                         deltas -= diff;
    34                                 }
    35                                 else
    36                                 {
    37                                         deltas += diff;
    38                                 }
    39                                 rsize = ExpParams.diplo_rad + deltas;
    40                         }
    41 
    42                         var geno = "//0\np:sh=1,sx=" + rsize + ",sy=" + rsize + ",sz=" + rsize + ", rz=3.14159265358979";
    43                         geno += "\nn:p=0,d=\"S\""; //TODO is this the only difference with haploid code? TODO why initial genotypes are not used as defined in ExpParams?
    44                         var cr = Populations[0].add(geno);
    45                         cr.energ0 = ExpParams.ofnumd;
    46                         cr.energy = cr.energ0;
    47                         var dsize =  ExpParams.diplo_rad * ExpParams.delta_rate + ExpParams.diplo_rad;
    48                         cr.user1 = [ {"vamin" : (rsize / dsize) * ExpParams.v_min_d, "amin": parent.user1["amin"], "delta_h" : parent.user1["delta_h"], "delta_d" : deltas }, {"vamin" : (rsize / dsize) * ExpParams.v_min_d, "amin": parent2.user1["amin"], "delta_h" : parent2.user1["delta_h"], "delta_d" : deltas }];
    49                         cr.user2 = { "Va" : cr.energ0, "gen" : 1 , "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize": rsize, "vinit": cr.energ0};
    50                         placeRandomlyNotColliding(cr);
    51                 }
    52         }
    53 
    54         for (var j = 0; j < repro_list.size; j++)
    55         {
    56                 Populations[0].kill(repro_list[j]);
    57         }
    58 }
    59 
    60 function reproduce_diploid(repro_list, number)
     20                        createOffspring(ExpParams.gend, ExpParams.ofnumd, [parent.user1, parent2.user1], {"Va" : ExpParams.ofnumd, "gen" : 1 , "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize": ExpParams.rads[1], "vinit": ExpParams.ofnumd}); //TODO genes from both generations in user1
     21                }
     22        }
     23        killParents(repro_list);
     24}
     25
     26function reproduce_diploid(repro_list)
    6127{
    6228        for (var i = 0; i < repro_list.size; i++)
    … …  
    6430                var parent = Populations[0].get(repro_list[i]);
    6531
     32                if (parent.user2["gen"] != 1)
     33                {
     34                        Simulator.print("gen: " + parent.user2["gen"]);
     35                }
     36
    6637                if (parent.user2["gen"] == 1)
    6738                {
    68 
    6939                        var number = parent.user2["Va"] / ExpParams.ofnumh;
    70 
    71 
    7240                        for (var j = 0; j < number / 2; j++)
    7341                        {
    … …  
    7644                                if (Math.rnd01 < ExpParams.crossprob)
    7745                                {
    78                                         var tmp = parent.user1[0]["vamin"];
    79                                         parent.user1[0]["vamin"] = parent.user1[1]["vamin"];
    80                                         parent.user1[1]["vamin"] = tmp;
     46                                        crossover(parent, "vamin");
    8147                                        crossed = 1;
    8248                                }
    … …  
    8450                                for (var k = 0; k < 2; k++)
    8551                                {
    86                                         var rsize = parent.user1[k]["delta_h"]  + ExpParams.haplo_rad;
    87                                         var vamin = parent.user1[k]["vamin"];
    88                                         var deltas =  parent.user1[k]["delta_h"];
    89 
    90 
    91                                         if (Math.rnd01 < ExpParams.mutationprob)
    92                                         {
    93                                                 var diff = delta_change * deltas;
    94                                                 if (Math.rnd01 < 0.5)
    95                                                 {
    96                                                         deltas -= diff;
    97                                                 }
    98                                                 else
    99                                                 {
    100                                                         deltas += diff;
    101                                                 }
    102                                                 rsize = ExpParams.diplo_rad + deltas;
    103                                         }
    104 
    105                                         var geno = "//0\np:sh=1,sx=" + rsize + ",sy=" + rsize + ",sz=" + rsize + ", rz=3.14159265358979";
    106                                         var cr = Populations[0].add(geno);
    107                                         cr.energ0 = ExpParams.ofnumh;
    108                                         cr.energy = cr.energ0;
    109                                         //vamin depends on rsize
    110                                         var hsize = ExpParams.haplo_rad * ExpParams.delta_rate + ExpParams.haplo_rad;
    111                                         cr.user1 = {"vamin" : (rsize / hsize) * ExpParams.v_min_h, "amin": ExpParams.age_min_d, "delta_h" : deltas, "delta_d" : parent.user1[0]["delta_d"]};
    112                                         cr.user2 = { "Va" : cr.energ0, "gen" : 0 , "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize" : rsize, "vinit": cr.energ0};
    113                                         placeRandomlyNotColliding(cr);
     52                                        createOffspring(ExpParams.genh, ExpParams.ofnumh, {"vamin" : ExpParams.v_min_h, "amin": ExpParams.age_min_h}, {"Va" : ExpParams.ofnumh, "gen" : 0 , "growth_step" : ExpParams.growth_step, "rsize" : ExpParams.rads[0], "vinit": ExpParams.ofnumh});
    11453                                }
    11554
    … …  
    11756                                if (crossed == 1)
    11857                                {
    119                                         var tmp = parent.user1[0]["vamin"];
    120                                         parent.user1[0]["vamin"] = parent.user1[1]["vamin"];
    121                                         parent.user1[1]["vamin"] = tmp;
     58                                        crossover(parent, "vamin");
    12259                                        crossed = 0;
    12360                                }
    124 
    12561                        }
    12662                }
    12763        }
     64        killParents(repro_list);
     65}
     66
     67function crossover(parent, gene)
     68{
     69        var tmp = parent.user1[0][gene];
     70        parent.user1[0][gene] = parent.user1[1][gene];
     71        parent.user1[1][gene] = tmp;
     72}
     73
     74function killParents(repro_list)
     75{
    12876        for (var j = 0; j < repro_list.size; j++)
    12977        {
    … …  
    13280}
    13381
     82function createOffspring(geno, energy, new_user1, new_user2)
     83{
     84        var cr = Populations[0].add(geno);
     85        cr.energ0 = energy;
     86        cr.energy = cr.energ0;
     87        setGenotype(cr, new_user1, new_user2);
     88        placeRandomlyNotColliding(cr);
     89}
    13490
    13591function onStep()
    … …  
    152108                        haploids += 1;
    153109                        e_inc_h += cr.energy;
    154                         size_h += cr.user1["delta_h"] + ExpParams.haplo_rad;
     110                        size_h += ExpParams.rads[0]; //TODO change of size dependant on gene
    155111                        vmin_h += cr.user1["vamin"];
    156112                }
    … …  
    159115                        diploids += 1;
    160116                        e_inc_d += cr.energy;
    161                         size_d += cr.user1[0]["delta_d"] + ExpParams.diplo_rad;
     117                        size_d += ExpParams.rads[1]; //TODO change of size dependant on gene
    162118                        vmin_d += cr.user1[0]["vamin"];
    163119                }
    … …  
    219175                                        to_repro_h.add(i);
    220176                                }
    221                                 else if (cr.user2["gen"] == 1)
     177                                if (cr.user2["gen"] == 1)
    222178                                {
    223179                                        to_repro_d.add(i);
    … …  
    227183                if (to_repro_h.size > 1)
    228184                {
    229                         reproduce_haploid(to_repro_h, ExpParams.ofnumh);
     185                        reproduce_haploid(to_repro_h);
    230186                }
    231187                if (to_repro_d.size > 0)
    232188                {
    233                         reproduce_diploid(to_repro_d, ExpParams.ofnumd);
     189                        reproduce_diploid(to_repro_d);
    234190                }
    235191        }
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.