source: experiments/frams/foraminifera/data/scripts/foraminifera.inc @ 593

Last change on this file since 593 was 593, checked in by Maciej Komosinski, 8 years ago

Added the missing visual style declaration for foraminifera creatures

File size: 9.0 KB
RevLine 
[401]1
[559]2function create_genotype(proculus_size, number_of_chambers, rgbstring, lastchambergrowth) //lastchambergrowth is 0..1
[557]3{
[558]4        const shift=0.7;
5        const angle_delta=0.8;
[561]6        const angle_delta_delta=-0.01;
7        const growing=1.07; //7% growth
[557]8       
[593]9        var str="//0\nm:Vstyle=foram\n";
[557]10        var size=proculus_size;
11        for(var i=0;i<number_of_chambers;i++)
12        {
[559]13                var effectivesize=size; //'effectivesize' is introduced only to consider the last chamber
[575]14                if (i==number_of_chambers-1) //last chamber
[559]15                {
16                        effectivesize*=lastchambergrowth;
[560]17                        size=size*(1.35-0.35*lastchambergrowth); //last iteration: 'size' is only used for shifting (dx). The last chamber emerges at the surface of the previous one
[575]18                        if (lastchambergrowth<1)
[581]19                                rgbstring="0.9,0.9,0.9,i=\"growing=%g\"" % lastchambergrowth; //when the last chamber is growing, make it bright gray and add extra information in its "i" field
[559]20                }
[567]21                str += "p:sh=1,sx=%g,sy=%g,sz=%g,rz=3.14159265358979,vr=%s\n" % effectivesize % effectivesize % effectivesize % rgbstring;
[557]22                if (i>0)
[567]23                        str+="j:%d,%d,sh=1,dx=%g,rz=%g\n" % (i-1) % i % (size*shift) % (angle_delta+i*angle_delta_delta);
[557]24                size*=growing;
25        }
26        return str;
27}
28
[422]29function setGenotype(mode)
30{
[554]31        if (mode->opt == "growth")
[422]32        {
[554]33                mode->cr.data->genes = mode->parent_genes;
34                mode->cr.data->lifeparams = mode->parent_lifeparams;
[422]35        }
[554]36
37        else if (mode->opt == "birth")
[422]38        {
[567]39                foram_uid += 1;
40                var new_id = "c"+string(foram_uid);
[554]41                mode->cr.data->genes = String.deserialize(String.serialize(mode->genes));
[567]42                mode->cr.data->lifeparams = {"max_energy_level" : mode->energy0, "gen" : mode->gen,  "hibernated" : 0, "species" : mode->species, "reproduce" : 0, "dir" : randomDir(), "dir_counter" : Math.random(int(secToSimSteps(ExpProperties.dir_change_sec))), "chamber_growth" : -1, "division_time" : -1, "uid" : new_id};   
[554]43
[567]44                var oper = "cloning";
[573]45                var inherit = [1.0];
[567]46                if (mode->parentsuids.size > 1)
47                {       
48                        oper = "cross-over";
[573]49                        inherit = [0.5, 0.5];
[567]50                }
51               
[573]52                var dict={"Time":Simulator.stepNumber,"FromIDs":mode->parentsuids,"ID":new_id, "Inherited":inherit, "Operation": oper, "Kind" : mode->gen};
[567]53                Simulator.print("[OFFSPRING] " + String.serialize(dict));               
[422]54        }
55}
56
[567]57function getEnergy0(radius)
58{
59        return energyFromVolume(micronsToFrams(radius),1);
60}
61
[479]62function gametsDivision(parent_energy, energy0)
63{
64        var number = 1;
65        var result = parent_energy;
[486]66        while ((result-ExpProperties.divisionCost) >= energy0)
[479]67        {
[486]68                result = (result-ExpProperties.divisionCost)/2;
[567]69                number *= 2;
[479]70        }
71        //Simulator.print("parent: " + parent_energy + " result: " + result + " number " + number);
72        return {"energy" : result, "number" : number};
73}
74
[422]75function reproduce_haploid(parent, parent2, clone)
76{       
[476]77        var number, energy0, new_genes, gen;
[422]78        if (clone == 1)
79        {
[487]80                var offspring = gametsDivision(parent.energy,getEnergy0(getGene(parent,"energies0",0)[0]));
[479]81                energy0 = offspring->energy;
82                number = offspring->number;
[476]83                new_genes = parent.data->genes;
84                parent.data->lifeparams->gen = 1 - parent.data->lifeparams->gen; //because of reversal of "gen" in createOffspring function
85                gen = parent.data->lifeparams->gen;
[422]86        }
87        else
88        {
[487]89                var offspring1 = gametsDivision(parent.energy,getEnergy0(getGene(parent,"energies0", 0)[1]));
90                var offspring2 = gametsDivision(parent2.energy,getEnergy0(getGene(parent2,"energies0", 0)[1]));
[479]91                energy0 = (offspring1->energy+offspring2->energy);
[486]92                number = ExpProperties.gametSuccessRate*(offspring1->number+offspring2->number)/2;
[476]93                new_genes = [parent.data->genes, parent2.data->genes];
94                gen = 1 - parent.data->lifeparams->gen;
[493]95
96                if (ExpProperties.logging == 1)
97                {
98                                log(createLogVector(parent, parent.energy),ExpProperties.logPref+"repro_energies_log.txt");
99                                log(createLogVector(parent2, parent2.energy),ExpProperties.logPref+"repro_energies_log.txt");
100                                log(createLogVector(parent, number),ExpProperties.logPref+"repro_num_log.txt");
[552]101                                log(createLogVector(parent, parent.lifespan),ExpProperties.logPref+"lifespan_log.txt");
102                                log(createLogVector(parent2, parent2.lifespan),ExpProperties.logPref+"lifespan_log.txt");
[493]103                }       
[422]104        }
105
[567]106        //Simulator.print("haploid number of offspring: " + number + " energ0: " + energy0);
[422]107
[418]108        for (var j = 0; j < number; j++)
[401]109        {
[567]110                createOffspring(create_genotype(ExpProperties.chamber_proculus_diplo, 1, colors[1], 1), energy0, new_genes, parent.data->lifeparams, [parent.data->lifeparams->uid, parent2.data->lifeparams->uid]);
[401]111        }
112}
113
[418]114function reproduce_diploid(parent)
[401]115{
[510]116        var offspring = gametsDivision(parent.energy,getEnergy0(getGene(parent,"energies0", 0)[0]));
117        var energy0 = offspring->energy;
118        var number = offspring->number;
[422]119
[493]120                if (ExpProperties.logging == 1)
121                {
122                        log(createLogVector(parent, parent.energy),ExpProperties.logPref+"repro_energies_log.txt");
123                        log(createLogVector(parent, number),ExpProperties.logPref+"repro_num_log.txt");
[552]124                        log(createLogVector(parent, parent.lifespan),ExpProperties.logPref+"lifespan_log.txt");
[493]125                }       
126
[567]127        //Simulator.print("diploid number of offspring: " + number+ " energ0: " + energy0);
[422]128
[418]129        for (var j = 0; j < number / 2; j++)
[401]130        {
[418]131                var crossed = 0;
132                //crossover
[486]133                if (Math.rnd01 < ExpProperties.crossprob)
[418]134                {
[422]135                        crossover(parent, "min_repro_energies");
[418]136                        crossed = 1;
137                }
[401]138
[418]139                for (var k = 0; k < 2; k++)
[404]140                {
[567]141                        createOffspring(create_genotype(ExpProperties.chamber_proculus_haplo, 1, colors[0], 1), energy0, parent.data->genes[0], parent.data->lifeparams, [parent.data->lifeparams->uid]);
[404]142                }
143
[418]144                //reverse of crossover for fossilization
145                if (crossed == 1)
[401]146                {
[422]147                        crossover(parent, "min_repro_energies");
[418]148                        crossed = 0;
[401]149                }
[418]150                       
[401]151        }
[404]152}
153
[422]154function reproduce_parents(species)
[404]155{
[418]156                var parent1 = null;
157                var parent2 = null;
158                var pop = Populations[0];
159                for (var i = pop.size-1; i >= 0; i--)
[401]160                {
[476]161                        if (pop[i].data->lifeparams->reproduce == 1 && pop[i].data->lifeparams->species == species)
[418]162                        {
[486]163                                if ((pop[i].data->lifeparams->gen==1) || ((pop[i].data->lifeparams->gen==0) && ExpProperties.stress == 0))
[401]164                                {
[422]165                                        continue;
[401]166                                }
[418]167                                else if (parent1 == null)
[401]168                                {
[418]169                                        parent1 = pop[i];
[401]170                                }
[418]171                                else if (parent2 == null)
172                                {
173                                        parent2 = pop[i];
174                                } 
[430]175                                if (parent1 != null && parent2 != null)
[418]176                                {
[479]177                                        //when parents are ready for reproduction start gametogenesis
178                                        if (parent1.data->lifeparams->division_time == -1 && parent2.data->lifeparams->division_time == -1)
179                                        {
[554]180                                                var time = int(secToSimSteps(ExpProperties.gametoPeriodSec));
[479]181                                                parent1.data->lifeparams->division_time = time;
182                                                parent2.data->lifeparams->division_time = time;
183                                                parent1.idleen = 0;
184                                                parent2.idleen = 0;
185                                                //Simulator.print("parents "+parent1.uid + " " + parent2.uid + " ready to repro: "+Simulator.stepNumber);
186                                        }
187                                        //when gametogenesis is finished fuse gamets
188                                        else if (parent1.data->lifeparams->division_time == 0 && parent2.data->lifeparams->division_time == 0)
189                                        {
190                                                reproduce_haploid(parent1, parent2, 0);
[567]191                                                //print_repro_info(parent1);
192                                                //print_repro_info(parent2);
[479]193                                                pop.kill(parent1);
194                                                pop.kill(parent2);
195                                                parent1 = null;
196                                                parent2 = null;
197                                        }
[430]198                                }       
[418]199                        }
[401]200                }
[422]201}
202
203function readyToRepro(cr)
204{
205        var reproduced = 1;
[567]206
[476]207        if (cr.data->lifeparams->gen == 1)
[422]208        {
209                reproduce_diploid(cr);
[401]210        }
211
[486]212        else if (ExpProperties.stress == 0)
[401]213        {
[422]214                reproduce_haploid(cr, null, 1);
215        }
216
217        else
218        {
219                if (cr.signals.size == 0)
[401]220                {
[476]221                        cr.signals.add("repro"+cr.data->lifeparams->species);
[422]222                        cr.signals[0].power = 1;
[401]223                }
[422]224                reproduced = 0;
[476]225                cr.data->lifeparams->reproduce = 1;
[401]226        }
[422]227
228        if (reproduced == 1)
229        {
[567]230                //print_repro_info(cr);
[422]231                Populations[0].kill(cr);
232        }
233
234        return reproduced;
[401]235}
236
[422]237function foramReproduce(cr)
238{
[567]239        var properEnergy = cr.energy >= getGene(cr, "min_repro_energies",0)[cr.data->lifeparams->gen];
[487]240        var reproduced = 0;     
[422]241
242        //if creature has proper energy
[590]243        if ( properEnergy )
[422]244        {
245                //reproduce with probability repro_prob
[486]246                if (Math.rnd01 <= ExpProperties.repro_prob) //TODO env trigger
[421]247                {
[422]248                        reproduced = readyToRepro(cr);
[421]249                }
[476]250                else if (cr.signals.receive("repro"+cr.data->lifeparams->species) > 0)
[421]251                {
[422]252                        reproduced = readyToRepro(cr);
[421]253                }
[422]254                if (reproduced == 1)
[430]255                                return 1;
[421]256        }
257
[422]258        else if (!properEnergy)
[421]259        {
[422]260                cr.signals.clear();
[476]261                cr.data->lifeparams->reproduce = 0;
[421]262        }
[430]263
264        return 0;
[422]265}
[421]266
[422]267function crossover(parent, gene)
268{
[476]269        var tmp = parent.data->genes[0][gene];
270        parent.data->genes[0][gene] = parent.data->genes[1][gene];
271        parent.data->genes[1][gene] = tmp;
[422]272}
[421]273
[567]274function createOffspring(geno, energy, parent_genes, parent_lifeparams, parentsuids)
[422]275{
[579]276        curColor = colors[1-parent_lifeparams->gen];
[422]277        var cr = Populations[0].add(geno);
278        cr.energy0 = energy;
279        cr.energy = cr.energy0;
[567]280        setGenotype({"opt" : "birth", "cr" : cr, "gen" : 1 - parent_lifeparams->gen, "species" : parent_lifeparams->species, "energy0" : cr.energy0, "genes" : parent_genes, "parentsuids" : parentsuids});
[422]281        placeRandomlyNotColliding(cr);
[421]282}
[567]283
284function print_repro_info(cr)
285{
286        Simulator.print("Reproduced " + cr.data->lifeparams->gen + " of species " + cr.data->lifeparams->species + " energy: " + cr.energy);
287}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.