source: cpp/frams/genetics/fB/fB_general.h @ 1097

Last change on this file since 1097 was 973, checked in by Maciej Komosinski, 4 years ago

Increased SString and std::string compatibility: introduced length(), size(), and capacity(), and removed legacy methods that have std::string equivalents
File size: 3.2 KB
RevLine 
[797]1// This file is a part of Framsticks SDK.  http://www.framsticks.com/
[973]2// Copyright (C) 1999-2020  Maciej Komosinski and Szymon Ulatowski.
[797]3// See LICENSE.txt for details.
4
[780]5#ifndef _FB_GENERAL_H_
6#define _FB_GENERAL_H_
7
8#include <frams/util/sstring.h>
9
10class fB_GenoHelpers
11{
12public:
[802]13        static int geneCount(const SString& geno)
[780]14        {
15                int start = 0;
[797]16                int prev = 0;
[780]17                int count = -1;
18                do {
19                        count++;
20                        start = geno.indexOf("aa", start) + 1; // +1 is for progress, starting codons can overlap
[797]21                        int quotecount = 0;
22                        for (int q = prev; q < start; q++) if (geno[q] == '\"') quotecount++;
23                        prev = start;
24                        if (quotecount % 2 != 0) count--; // 'aa' sequence is within quotes
[780]25                } while (start - 1 != -1);
26                return count;
27        }
28
[802]29        static SString getNonNestedGene(int i, const SString& genotype, int &start, int &end)
[780]30        {
[802]31                int count = -1;
[780]32                start = 0;
[802]33                int tmp = 0;
34                SString result = "";
35                do {
36                        count++;
[973]37                        if (start < genotype.length())
[802]38                                result = getNextGene(start, genotype, tmp, start);
39                        else
40                                start = -1;
41                } while (start != -1 && count < i);
42                start = tmp;
43                end = start;
44                return result;
45        }
46
47        static int geneCountNoNested(const SString& geno)
48        {
49                int start = 0;
[780]50                int count = -1;
[802]51                int tmp = 0;
[780]52                do {
53                        count++;
[973]54                        if (start < geno.length())
[802]55                                getNextGene(start, geno, tmp, start);
56                        else
57                                start = -1;
58                } while (start != -1);
59                return count;
60        }
61
62        static SString getGene(int i, const SString& genotype, int &start, int &end)
63        {
64                start = 0;
65                int count = -1;
66                do {
67                        count++;
[780]68                        start = genotype.indexOf("aa", start) + 1;
[797]69                        int quotecount = 0;
70                        for (int q = 0; q < start; q++) if (genotype[q] == '\"') quotecount++;
71                        if (quotecount % 2 != 0) count--; // 'aa' sequence is within quotes
[780]72                } while (start - 1 != -1 && count != i);
73                if (start - 1 == -1) // there is no gene with a given "i"
74                {
75                        start = -1;
76                        end = -1;
77                        return "";
78                }
79                end = start;
[797]80                int quotecount = 0;
81                do {
82                        quotecount = 0;
83                        end = genotype.indexOf("zz", end);
84                        if (end != -1)
85                        {
86                                for (int q = start; q < end; q++) if (genotype[q] == '\"') quotecount++;
87                                if (quotecount % 2 != 0) end++;
88                        }
89                } while (quotecount % 2 != 0 && end != -1);
90
[973]91                if (end == -1) end = genotype.length();
[780]92                else end += 2;
93                start -= 1;
94                return genotype.substr(start, end - start);
95        }
96
[802]97        static SString getNextGene(int searchbegin, const SString& genotype, int &start, int &end)
98        {
99                start = searchbegin;
100                int count = -1;
101                do {
102                        count++;
103                        start = genotype.indexOf("aa", start) + 1;
104                        int quotecount = 0;
105                        for (int q = 0; q < start; q++) if (genotype[q] == '\"') quotecount++;
106                        if (quotecount % 2 != 0) count--; // 'aa' sequence is within quotes
107                } while (start - 1 != -1 && count != 0);
108                if (start - 1 == -1) // there is no gene with a given "i"
109                {
110                        start = -1;
111                        end = -1;
112                        return "";
113                }
114                end = start;
115                int quotecount = 0;
116                do {
117                        quotecount = 0;
118                        end = genotype.indexOf("zz", end);
119                        if (end != -1)
120                        {
121                                for (int q = start; q < end; q++) if (genotype[q] == '\"') quotecount++;
122                                if (quotecount % 2 != 0) end++;
123                        }
124                } while (quotecount % 2 != 0 && end != -1);
125
[973]126                if (end == -1) end = genotype.length();
[802]127                else end += 2;
128                start -= 1;
129                return genotype.substr(start, end - start);
130        }
[780]131private:
132        fB_GenoHelpers() {}
133};
134
135#endif // _FB_GENERAL_H_
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.